自家通販ではなく倉庫発送という話でしょうか？
あとから入荷（予約式）じゃなく、印刷所から倉庫に入荷し、検品通知後に注文を受けるのであればおまとめ発送できるのでばらばら頒布でも送料は一冊分で大丈夫かと思います。

倉庫はある程度の売り上げがあれば（その月に在庫全体の20%）倉庫保管料なしに最大半年預かってもらえます。保管料が掛かっても月千円くらいです。

人の相談なのでご質問者様からは何も言えないでしょうが、個人的に数分で完売レベルならばその後も絶対要望が止まない、下手すれば心証を悪くしかねないので再販するよりは多少多めに刷った方がいいと思います。
どうせ、ある程度の冊数になれば印刷代は大して変わりませんし、倉庫であれば、余ったものは希望すれば破棄してもらえるようですよ。
詳しくはブースのサイトのヘルプセンター、良くある質問をご参照ください。

＞注文開始のタイミングを、あまり間を置かずに(1日とか？)ズラして頒布する感じなのですかね。

すみません、今気付いたのですが、もしかしておまとめ発送ができないパターンがあるかもしれません。
まず、ブースはboothappという月額制の拡張機能を使わないと予約販売以外でこちらから日付指定して販売開始する事が出来なかったと思います。
補足として流れを記しておきます。

ブースで商品ページを作る→続いてブースの倉庫保管の手続きをする→印刷所から倉庫へ本を送る→倉庫へ商品が到着し、検品作業が始まる（約10日前後）
→検品終了後、通知が届き、商品ページから商品が購入できるようになる（これはこちらから日付指定ができませんので、いつのまにか販売が始まっている）←これが問題です。

おまとめ発送は、同じショップから違う商品を複数購入した場合、最初に注文した商品と次に購入した商品の間が三日以内であれば適応出来るサービスなので（商品購入後、購入者がおまとめを指定する必要がある）
複数の本があると、検品作業にばらつきが出て本ごとに販売開始の日付が大きく変わる可能性があります。
そうなるとおまとめ発送が適応出来ないかもしれません。
在庫が沢山ある場合はすぐに全ての本をカートに入れて購入出来るので問題ないのですが、争奪戦のような場合はやはりのんびりと構えてはいられないのでもし検品作業にばらつきが出るとおまとめ発送は適応されず送料は余計に掛かってしまうことになります。

やはり、小部数で瞬殺前提となるとセット販売せずに確実に送料を抑えるのは難しいかもしれません。

かえって混乱させてしまう結果になってしまいごめんなさい。

買い専ですが、トピ主さまが仰るレベルの神作家の最後の御本でしたら、正直送料なんて気にしないです。高いと言っても1冊につき数百円ですよね？全く気にしません。手に入らない方がショックです。それぞれに送料がかかってたとしても買いますね。

トピ主です。ID変わってたらすみません。

お二人とも回答ありがとうございます。ブースで頒布するなら、やっぱり送料別で種別に時間をズラして頒布が理想的なのですかね……！
本人は「そもそも、そんなに売れないと思う」という姿勢でまとめて頒布するつもりっぽいので、そんなことないよ！と説得してみます。周りにブースを使っている人がおらず悩んでいたので参考になりました。
ありがとうございました。