プリントオンさんを利用させていただく予定です。

プリントオンさんのテンプレートのトンボどうすればいいかわかりにくいよね…私も毎回迷う
以前入稿した時はトンボレイヤーの上に印刷絵柄レイヤーを置いて結合した原稿を入稿しましたが、特に問題はありませんでした

もう解決したかもしれませんが……
私が使ったプリントオンのテンプレートはトンボと背景が統合されてしまっていて、トンボを絵柄の上にすることができませんでした。
なので絵柄をトンボが描かれた背景の上に描き、背景に描かれている目盛りや文字の部分は見えるようにした上で、背景と絵柄を結合して入稿しました。それで問題なかったです。

しかし、もしトンボが背景とは別レイヤーに分かれているテンプレなのであれば、上のコメで出ているようにトンボを上にして統合して入稿すると良いと思います。