自分のやれる範囲（メンタル、環境的に）で対応して、
あとはそのままでもいいんじゃないでしょうか。
作り手に回る人は拘る人が多く、
自分のミスは少しも許せない！という考え方の人もいますが、不手際も含めてその時の実力だと思いますし、
次の作品でもっと完成度を上げられれば
それでいいと思います。

そもそも懸念点を見た感じ、
あまり読み手は気にならなそうな、ミス未満な内容な気がします。
あと表現やセリフ部分などは
整形と一緒で完全に満足することは多分ないです。笑

この前私も漫画の合同紙を作ったところ、
原稿のサイズと解像度を間違え、寄稿してくださった方の原稿も見辛くしてしまいましたがそのまま出しました。
（買い手の方と寄稿してくださった方にはひたすら平謝りでしたが…）
多少ROM専の買い手から嫌味も言われましたが笑
1冊目は誤字もありもっとひどかったです。でも出しちゃいましたし、交流のない方からも感想をもらえました。
たぶん、作品の真価を見出してくれる人は、
ストーリーの本質を重点的に見てくれると思いますよ。

既に刷った本の処分などを考えると寂しいですし、
一人の推し作家に少しでも良く思われたいの気持ちで
物を作ると後々苦しくなる気がします。
あまり根詰めすぎないでくださいね！

トピ主さんとほぼ同じ状況で刷り直しました！
イベントまでまだ時間があったので、印刷所は変えずに本体のみ、カバー使い回しです。
印刷後に思いのほか誤字がたくさん見つかったのと、どうもしっくり来なかった表現があったので、時間の許す限り修正・推敲に充てました。モヤモヤしたまま頒布するよりかはずっと良いかなと思ったので……結果、満足いく仕上がりになりました！
ちなみに、カバーの付け替えは既に巻かれた本から剥がす作業が意外と大変でした。本体・カバー共に傷付けないよう細心の注意を払って行ったので、小部数でも結構疲れました。。。
もちろん締切やお財布と要相談になりますが、トピ主さんが満足いく結果になりますよう応援しています！

自分も初同人誌が手元に届いたところです。
章タイトルなど、冊子の開く形になったら思っていたのと見え方が違ったところがあって、あ～って思いました。
でも逆に心配していたより良かった部分（表紙とか）もあって、それも含めて今の自分の精一杯と受け入れることにしました。
読みにくさは、商業の本に比べたらバラつきがあって当然と見てくれる方が多いのではと思います。

内容の直したい部分は、誤字とかでないなら、一時の気の迷いの可能性もあると思いますが…。
紙になってみると、自分の書いたものじゃないみたいで、自分も気恥ずかしくなりました。何度も見返して平静な状態でも気になるなら、直した方が良いかもしれないですね。

ID変わっているかもですがトピ主です。
結論、刷り直すことにしました…！

最初から読んでみた結果、以下の状況でした。
（自分の本て照れてしまって読み返しにくいですね…）

・行間がやや空いてしまった影響で捲る側の余白が狭くなり若干読みづらい（読めるレベル）
・表紙の厚さは、馴染めば柔らかくなったので変更なしでもＯＫ
・全年齢部分は自分でも楽しめるぐらいなので大幅には変えなくてＯＫ（何か所か表現は直したい）
・R18部分は体位が分かりにくい箇所あり＆あっさりしていてイマイチ萌えなかった
（こっ恥ずかしくて誤字脱字チェックぐらいしかしておらず…）

えろ目当てで購入される方がいたら申し訳が立たないので
行間を変更して本文は若干修正＆R18部分を思い切ってがっつり書き足してページ増やしてみました。
（余白ページ使ったのでページ数に影響なし）

懐的には痛いですが、内容自体はかなり良くなりました。再び届くであろう本を見るのはドキドキですが…
皆さまアドバイス本当にありがとうございました！