厳密に言えば、クリスタのグレスケからトーンに変更する機能のトーンは、ほんの少しモアレます。
最初からトーンの素材を貼った時ほど均一できれいではありません。
それがなぜなのかはわからないけど、公式でも特に言及されておらず、グレスケからトーンに変換する機能も推奨されているため、仕様の範囲内なんでしょうね。
自分で気にして見ない限りはわからない程度の差です。

線数については統一しなくてもトーンを重ねなければ大丈夫です。

トーンの濃度は10%から50%の範囲にしています。
それ未満だと印刷に出ない、それ以上だと印刷で潰れる可能性があるとどの印刷所でもよく注意書きされています。
ただ、私の経験上、5%でも普通に印刷されるし、80%くらいまでは潰れないです。推奨はされてませんが。

トピ主さんと同じように、グレスケで塗ってからトーンボタン押してグレスケ入稿している者です。
ここ最近出してる本4冊ありますが、すべてモアレは特に気になりません。
上の方が仰るように本当はモアレってるのかもですが、刷り上がったものを確認しても全然モアレだ！って気になったことはありません。
ただ違う線数を重ねるとやっぱりモアレるのでそこは気をつけてます！
自分は一回コンビニコピーしておおよその試し刷りをしています。
トーンは10〜40%を使っています。
10%→肌影トーンメインになんでも、20〜30%→服や小物や背景、40%→ベタと併用する部分用
こんな感じ貼ってますが都度ページや表現によっても変えたりはしてます。
あとモニターにもよるかもだけど、10%薄めに感じるけど印刷すると結構ちゃんと色ついてんな…って感覚でした！参考までに〜！
はじめてのオフ本楽しみですね！！！！原稿頑張ってください〜！！