二次創作の元が原作なのだから原作のセリフを引用するのは大ありだと思います。同人誌を読んでいて原作のセリフが散りばめられてると「あ、あの時のセリフこんな感じで入れられてるんだ」と作家さんの解釈を読めてとても嬉しいですし好ましいです。二次創作の同人作家さんで「原作のセリフを必ず３つは入れる」とマイルールを持ってご本を作成していた方もいらっしゃいました。

大抵は大丈夫だと思うのですけど、ゲーム原作と仰っていましたね？
……もしもDのつく夢の国ゲームでしたら、あそこは色々と規制が厳しいのでやめたほうがいいと思います。本にするのなら尚更ですね。
触らぬ神に祟りなしです。

デ○○○ーが著作権にことさら厳しいというのは都市伝説です。他の漫画やアニメ、ゲームと比べて二次創作で訴えられる可能性が跳ね上がるとか、そういうことはありません。
著作権に厳しいところはしっかりルールを作って公表しています。たとえばグ○○○○ンは同人誌の書店委託禁止を明確にしていましたし、ファンボックスの有料プランで公開されたファンアートにはまず警告を出していました。いきなり訴えたりしません。
ネットの噂を鵜呑みにするのは良くないです。

本題ですが、原作のセリフを引用するのは特別に悪いこと、とかそういうことはないと思います。どうしても心配なら、「原作の流れに沿った長編なので一部原作のセリフを引用している箇所があります」などと但し書きを付けるのはどうでしょうか。それでトラブルは大体防げると思います。

なんとなく、夢の国ときのこのおじさんのとこはやめとけといういめーじが……
本人がどんなに気をつけてても、ブツを買った人間がやらかせば元を作った人間の責任です。
パクリじゃん！！って感じる人もいれば、リスペクトだな、素晴らしい　って判断する人間まで様々です。
要するに、ジャンルの性質や規制の厳しさ、それを取り巻く人間の質によってきます。クレムの回答のみで判断できることではないかなーと思いますね私は。同人は自己責任たるゆえんですね。

二次創作ですし、引用と呼べる範囲内であれば良いんじゃないでしょうか。
ただコミカライズのように原作のストーリーをそのままなぞるような内容になってしまうと版権的にも厳しいのかな、とは思ってしまいます。
ただトピ主さんが書かれている「原作シーン３～４Ｐほど」で、そこから先は二次創作のオリジナル展開になっているのであれば問題ないかな、と。
ストーリー上は展開しなかった分岐や描かれない舞台裏だったりも二次創作の醍醐味ですからね。

著作者人格権の同一性保持権のことなんかを考えると、かえって台詞を改変する方が問題だと思います。
台詞を下手に弄らずそのまま使用し、奥付にでも原作からの引用であることを書いておけばいいのでは？

それと、3〜4ページはやはり多い気がします。
二次創作の読み手は原作を履修している前提なので最低限そのシーンであることが伝わればストーリー的には問題ないことが多いですし、また原作に絵がつくことで、読み手の中で出来上がっていた原作シーンとの齟齬が大きくなる危険性も大きいかと……

トピ主です。
みなさま、ご意見ありがとうございます！
ちなみにゲームジャンルと言いましたが、某ゲームではありません…すみません。
やはり3〜4ページは長いので、少し削ろうと思います。
みなさまのご意見、とても参考になりました。