私も斜に構えてしまうタイプなので、気持ちはとても分かります。
自分の経験から言うと、いくら自分の絵が上達したからと言って、その意識を変えることはなかなか難しいと思います。
しかし、自分が褒める立場になってみると、わざわざ好きじゃない絵を褒めようと思いませんし、好きだったり感動したからこそコメントを送ろうと思うものです。
純粋な絵の上手さだけで言えば、世の中には神絵師と呼ばれる方がたくさんいることは確かです。ただ、その貰ったコメントの「上手い」の中には、単純な画力以外にも「キャラがかわいい、かっこいい、表情やシチュエーションが好み etc…」といろんな要素があり、「この絵が好き！」と思った結果「上手い」というコメントに集結されているのだと思います。
「上手い」という言葉をそのまま受け止めるのではなく、好きだと言ってくれた事実やその人の気持ちを受け取るのはどうでしょうか。
私も絵を描いていて「自分の絵下手だな」と思うことは何回もありますが、そういう時に（でも好きって言ってくれた人もいるしな）と思い出してモチベーションを保ったりしています。

私の考えになりますが、感想はあくまで受け取り手の感性と、あなたの作品の間だけのやり取りです。それ以上でも以下でもなく、他の人の技術も魅力も関係ありません。そのことをまず念頭に置く必要があるかと思います。
あなたがいかに自分の技術を否定しようと、読み手側個人の主観性に基づいた感性は否定しようがありません。他人と比べずに感想をくれた方の、その時の気持ちだけに目を向けて見ましょう。

余談ですが、私は作品を見る側の感性は描き手が思っている以上に鋭いと思っています。今の世の中にはとても素敵な作品や名作が溢れていて、受け取る側はそれを自由に、しかも気軽に選べるのですから、ある意味では作り手側より見る目はシビアだったりもしますよね。
その中から自分の作品を選んで感想をくれた。それがすごいことです。
ただ、観ることには慣れていても、その素晴らしさを言葉で的確に表現する事に慣れている方はとても少ないです。
絵が上手い、という言葉の中には、単純な技術ではなく、自分の性癖にドストライクだったとか、そう言った意味も含まれてると思います。

単純に好意を受け取りたいのなら、自分の絵のどこかをこの人は気に入ってくれた。見る側に何かしらの行動を起こさせるほど、心を動かした、という点についてもう少し広い視点で考えた方がきっと幸せになれると思います。