同人誌の印刷について。

素朴な疑問なのですが、印刷会社によって同人誌の仕上がりが変わってくるのはなぜなのでしょうか？

原稿を受け取った印刷会社の方が、印刷機にかける前に色調などを整えてくださっているのでしょうか？
トーンのきれいな濃淡やドットが出るのも、人の技術によるものなのでしょうか？
使う機材が違うということもあるのでしょうか？
印刷がずれたりというのも技術的なことですか？

紙選びまではサンプルを取り寄せて仕上がりを見て自分で判断できると思うのですが、クレムを見ると印刷の精度が会社によって違うんだなと思います。
何故そんなに変わってくるのか、本当に素朴な疑問なのですが、気になったので印刷技術に詳しい方がおられたら良かったら教えていただけないでしょうか？