片方または両方の電話番号登録消したら？

別にそんなことないと思いますけどね。
ここ数年別垢運営して同じようにRT等もしていますがBANなんてされてないです。

もっとも最近のツイッター見てると以前まで大丈夫でもこの先も大丈夫という保証はないですけど…。

自動化と複数アカウントの使用についての内容で良いのかな？
目的は、スパムの防止…複数アカウント等でリツイートや「いいね」を増やす行為など、特定のツイートを人工的に水増しすることです。

それで極端な話し、サブ垢とメイン垢の二つがあったとして、水増しと言えるのかどうかと言う感じになります。

少なからず、スパムとは言えないと思います。
そう言う点からおそらく問題無いかと思います。　保証は無いですが、

問題あるかどうかはアカウントの運用次第らしい

私ワンドロ主催考えてたけどそれで保留にしてる
けど少し前にTwitterで働いて立って技術者のツイ有名になってたの知らない？あの人いわく、RTについては懐疑的らしいよ。アルゴリズム的にどう精査してるか不明だって。

中の人を隠す理由が気になる……