分かります。商業も同じで、表紙は上手いのに本文は…という作品が凄く増えたと思ってます。
絵を描くのが好きというところから入る人が多いから、漫画＜イラストになりやすいのかな？というのが私の意見です。
それと、
・表紙も本文も上手い→絶対数が少ないからそもそも遭遇しにくい
・表紙も本文もあまり…→表紙を見た時点で手に取らないため本文が下手だとまで分からない だから表紙と同レベルだという作品は目に入りにくい
という傾向もあるのではないでしょうか（表紙だけ上手い作品が目立って見える）

ツイッターだと上手く見えるのはいわゆるブラマジですよね。同感なんですが、なぜそうなるのか私もピンと来てないので、他の方がコメントして下さるのにお任せします。

まず、色がちゃんとついているだけで黒白のみの絵よりも多少は上手く見えると思います。加えて、表紙を頑張れば少しでも手に取ってくれる人が増えると思えばクオリティも上がります。

また、スマホやタブレットで見るのと、A4サイズの本で見るのとではやはり大きさが違うので、見え方にも影響すると思います。
例えば細かい描線などは小さい画像では潰れてしまいますが、A4サイズで見ればちゃんと細部が見えるのでその辺りも影響しているのかと‥
つまり雑で汚い線も小さい画面では誤魔化しが効きますが、本で見るとはっきり可視化されてしまうのだと思ってます。

細かいトーンのはみ出しもPCの画面ではついつい見逃してしまい、本になった後に発見しがちなんですよね‥

上記で出ている理由の補足になります。

ネットやTwitterで目にする絵はほとんどが縮小されたものです。縮小するとイラストは綺麗に見えます。絵師が縮小してる場合もありますが、原寸のままでアップされてる絵は拡大100%で見るとかなり荒い線であることが多いです(特に注目されづらい衣服など顔以外のところ)
その上で、表紙やイラストなどフルカラーだと絵の情報が多いため豪華だったり上手に見えます。
これらと解像度・液晶の色設定などが合わさってブラマジといわれてる感じです。

一方の本文は、同人誌なら原寸作成なので縮小マジックができず線の荒さがそのままでますし、白と黒、場合によりトーンかグレーという色数の少なさで誤魔化しが効きづらくなります。また、印刷されることで印刷所や印刷方法により線の太さも変わることがあります。
商業漫画も本来はB4で描いて雑誌サイズ(B5)に縮小して載せるという形です。
有名どころの出版社は変わらずB4で投稿を受け付けていますが、web作品の商業化が多いKグループさんなどはデータ原稿はB5原寸で受け付けているので、その辺りで商業作品でも表紙との差がある漫画が増えたのかもしれません。

ちなみに解像度(イラストを構成する小さいドットの数)は、印刷B5と画面表示100%の画像が見た目同じ大きさとすると、　ツイッター・ネット72dpi

すでに皆さんレスされてますが、前者が表紙詐欺、後者がブラマジですね。どっちも同人あるあるです。
見分ける方法は、本文（モノクロ）を見るしかないです。通販だとサンプルに一番よく見えるページ使うから厳しいとは思いますが。
カラー絵って情報量が多いのでよっぽど色使いが陳腐でなければ実力を底上げしてくれます。
でもモノクロは、そういうの隠せませんからね。切り貼りじゃなくて1ページ完全に載ってると見分けやすいです。デ狂いとかもわかりますしね。
でも当たり外れあっての同人なので、外れも含めて素人の作るものの醍醐味を味わってほしいです。懐の許す範囲で。