ありますあります！
細かい言い回しやニュアンス程度ならサイレント修正してます。ひと場面そのものを書き直したい…と思う時もありますが、その場合は書き直しせず次の作品にそのアイデアを生かします。
その時の自分しか書けないものもありますし、読者側からしたら元のままの方が良かった、という場合もありますので。

問題ないと思います。私も細かな修正はいつもさらっとやっています。最終チェックしてからアップしているはずなのに、公開後に何故か見つかる不備の数々です…。
また、細かな修正ではない場合（新たに思いついた場面をごそっと追加するなど）は、短い話にまとめてオマケとして追加して再度アップすることもあります。その時はキャプションに日付＋オマケ追加しました！の一文を足しています。あくまでオマケなので短くとも喜んでもらえます。
トピ主さんの仰る通り、作品はトピ主さんが頑張って生み出したものです。お好きに手を加えて整えていいものだと思います！