初心を思い出して、主人公への情熱を取り戻してくれ。
まずは自分が主人公にハマってなきゃ書けない。
そいつはどんなやつなのか、考えるのが楽しければひとりでにキャラは厚みを増す。

当初その主人公のどういう所が魅力だと思ってそのプロット立てた？
記憶がなくて苦悩する様子が魅力？ 記憶がないのに無双するのが魅力？
最初は何か「これおもしろい！」と思ってプロット立てたんだよね？
そこを思い出して、そこをもっと深く強く描写していってはどうだろう。

それとも、もしかして長編なのにプロット立てずに行き当たりばったりをしてる？ それは出来る人もいるけど割と天才系の所業なので、行き詰まってるのならセオリー通りにプロット立てた方がイイと思う。
もしもノープランで「記憶喪失なら主人公が引き立つかも」とだけ思ってそうしてたんなら、もう最初から書き直した方がいいやも。

記憶喪失とは言いつつ、主人公が記憶をなくす以前の姿をチラ見せしていくといい。
特に知識量とか武芸とか芸術方面の技術とか、何かしら秀でた能力をとっさに発揮したりするといい感じに見せ場がつくれると思う。あとは親しい関係だった人が危ない目に遭ったとき、反射的にかばうとか。

記憶喪失になった経緯も大事だよね。おそらくそれなりに大きな事件が起きたからだろうし、その事件が起きた原因や形跡を少しずつ描いていけば、必然的に主人公が中心になっていくはず。

というか、記憶喪失の主人公って読者が一番気になる存在であるはずなのに影が薄くなってしまうということは、本来は脇役であるキャラの描写が濃すぎる可能性もあると思う。特に積極的でガンガン行動する性格の脇役だと、記憶がなくていろんなことに不安を感じたり尻込みしがちな主人公よりも出番が増えてしまいがち。
そういうときは脇役たちがどうしても主人公をあてにしないといけない事情をつくればいいよ。たとえば主人公がラスボスを封印する技を知ってるとか、記憶をなくす前に魔法使いだったとしたら、脇役のほうは回復魔法しか使えない、とかね。

自分自身が脇役に萌えちゃってない？記憶喪失設定に限らずこのパターン結構あると思う
記憶喪失はキャラの一面であって、ほかにも主人公を構成する要素はあるはずだから、その要素を使って毎回見せ場や親しみやすいシーンを作ったり成長を見せることもできるはず
有名な記憶喪失系の作品でも、記憶を取り戻す前のキャラは記憶喪失以外のエピソードでもそのキャラとして活躍してると思う
特に趣味の一次創作の場合、作者自身が主人公に興味を持って主人公というキャラにある程度は萌えてないと、主人公の影が薄くなりやすい気がするよ
主人公を動かすってことは話の主軸を動かすのと同じでどうしても労力がかかるから
逆に脇役のサブエピソードは気楽に動かせるから、作者が脇役に萌えてしまったらどんどん脇役ばかり目立つようになりがちな気がする