あまりチェックはしない
交換用に予備分を取っておくくらいしか対策は無いんじゃないかな？
私は予備を取っておかないので、もし不備があれば返金にて対応するつもりです

机に並べるときに大きな傷がないかは見るけど時間がないときはそのまま並べちゃう。
予備と数冊は印刷ミスがないか中身もパラ見するかな。

傷の具合は人によって判断が異なるから難しいよね。
正直PP加工は爪先で少し擦っただけでも傷というか光加減でわかるすじが付いちゃうし扱いが難しい。他の人の本でもその程度の傷は気にしないよ。

トピ主が書いてる対応でいいと思うよ。

わざわざチェックしてるサークルの方が少ないんじゃないかな？
匿名で連絡が来たってことは交換とかは望んでなさそう
とりあえず謝っておいて次から気を付けますってアナウンスでいいと思うよ
次回から交換用に予備をキープしておこう

返品交換はその場で言わないと無効って書いてあるサークルちょくちょくあるし、受け取った時に確認しなかった買い手側の責任かと
特にPP加工は種類によっては傷入りやすいし手元に来た時にはもう傷入ってたりする

少部数で個包装して、毎回キレイかパラ見してる
傷はないけど、表紙が折れてる時がたまにあるから「折れてます」廉価版のワケアリ品にする

毎回軽い検品はしてる
4桁冊も出さないから表紙の印刷チェックくらいならできる。傷ありインク跳ねありで出せない本も割と入ってるよ。余部数に収まるから印刷所には文句言わないけど
自分が買う側で表紙に傷があった時は中身が問題無ければいいかと思って問い合わせはしないけど、頒布する側であれば良品を手に取ってもらって心置きなく楽しんでもらいたいから不良品のハネ出しくらいはする。

それと完売アナウンスしてても不良品交換対応できるように数冊は手元に残してるよ。

部数が100にも満たないけど検品ほぼしてない
1冊は落丁乱丁とかチェックするけど他はノータッチ

部数が多い時は全部検品できないけど、イベント当日は早めにいって50冊くらいランダムに検品してる
もし大きめの傷とか汚れがあったら、サンプル用にするか、傷がある部分に付箋を貼って、段ボールの底の方に入れてる
傷や汚れがあるやつは余部扱いで頒布しないか、他の在庫が尽きてしょうがなく頒布する場合は、渡す際に付箋をつけた部分見せて「ここ傷あるけどいいですか？」って確認して渡す
自分は職業柄気になるからやってるだけど、同人誌はビジネスじゃないからここまでしなくていいとは思う

新刊なら、段ボールから出して両端の冊子だけはチェックする
見て分かるレベルの傷なら平積みから渡すときに気がつくし、それに気が付かないレベルの傷に文句言われても正直困る
なんなら買った人が持ち帰るまでに何かに擦れて付いた傷かもしれないし

ただ一度家に持ち帰った在庫とかは、本の端が折れたり背表紙が白く欠けたりも珍しくないから、扱い丁寧にするか平積みするときには念入りにチェックする