コミカライズ経験者です、めちゃめちゃ長くなりますが色々書いてみます

私の場合も原作者さんが改変OK派だったので自分の担当と相談しつつかなり変更しました
メインキャラの命運が変わったり、絵として派手にするために描写を盛ったり…話数が事前に決まっている連載だったので大胆なカットや時系列の変更・複数シーンを１つに集約などもありました

どの程度許されるかは本当に原作者さんによりますが、どんなに「自由にしてくれ！」という感じでも何か改変する場合はチェックをお願いしています
大きな改変はプロットやネーム着手前に、細々したものはネームの端等にどう変えたか・これで良いかメモを残したり…など
原作者さんと直でやりとりさせない出版社が多いですが、担当さんを通せば聞いてくれると思います

絵として必要になるけど詳細が分からない部分は確認必須だと思います
トピ主さんの例の「ゲーム世界じゃない作品のステータス画面」なども原作者さんの脳内にイメージはあるかと思います
どんなものかお伺いすると表に出ていない設定を細かく頂ける場合がありますし、こちらからイメージした図を渡し「ここはもっとこうです」とチェックしてもらうでも良いでしょう
私は最初に頂ける資料は全て頂きたい、と細かい資料も頂いてから始めましたが、あとから気になる部分をお伺いしたらまだまだ設定が出て来た…ということがありました
(資料としてあった訳では無いが原作者さんの脳内にはあり、伺ってはじめて「そういえば…」と文字に起こしてくださったのだと思います)

そして必ずしも必要ではない細かい部分に実際に突っ込むかどうかは、そうすることで読者が楽になる部分・文字でなく絵として自然に表現できる部分はどんどん考えて良いと思います
逆に細かい「だけ」の設定は物語の勢いを邪魔してしまうかもしれません
原理はわからんけど面白い！という作品は沢山ありますし、そもそも今はエンタメ作品の数が多く「パッと見の文字数や解説パートが多いから飛ばされる・読まれない」ということも本当にあります…
（私の場合ネームの赤は大概「ココもっと文字を減らせませんか」です。初稿で原作通りのセリフでもガンガン短くされます）

どうしても細かく説明したい場合でも、後からで間に合う物は後ろにズラすなど最初はとにかく物語の面白さ自体に注力するのがよろしいかと思います
逆に作品にディープなファンがついてからは細かい設定は喜ばれるかもしれません

トピ主さんが世界観かとか組織図とか魔導具なんかの原理を細かく分析するのが好きならば、担当さんに伝えておくと次回作にそういったものが主軸の作品を持ってきてくれるかもしれません

他、作画の時に必要だと思って私が聞いたことは「原作小説の挿絵に無いキャラクターの年齢や他設定」と「メインとなる拠点等の構造や間取り」です
頂いた間取りが原作本文と噛み合わない場合は主人公の行動ルートを変えたり上手い事ごまかしたりなどしました

長々失礼しました
最後に、コミカライズはネームが本当に大変でした
オリジナルは自分の脳内の出力で済みますが、コミカライズはネームと原作を見比べ調整し行ったり来たりしますし、自社編集部以外に原作サイドへのチェックがあり工程が多いのでチェックバックはどうしても遅れるし…
連載中はネームは数話先の物をやりながら作画を進めていました
可能ならチェックが返ってこないとなんの作業もできない！という状況を作らないことをオススメします