男性向けでも女性向けでも二次創作はそれなりにありましたが、めちゃくちゃ二次創作が流行ったとか誰もが描いてた、とかはなかったと私も記憶しています。
とはいえ、コミケのジャンルコードで見ても単独コードが2000年～2014年まで存在していたことを考えると、かなり長い間は一定以上の人気があったジャンルだと思います。
全盛期はサークル数400、その後も統合までは200～300くらいの推移のようですね。

理由については、まぁ原作の絵柄が「美形」じゃなかったからかなー、と。
非常にコミカルでデフォルメされた顔のキャラデザなので、自分の好みな絵柄に落とし込むにもなかなか難しいと思います。
原作絵に寄せて描いてる人が大多数だったと思うんですけど、その絵柄で成人向け内容となるとややシュールになるというか、コミカルになってしまうというか。
※「それが良い」という趣味までは否定しませんが

原作がとても人気になっても、二次創作しやすい作品かどうかって結構分かれるんですよね。
原作が完璧すぎる、原作で満足しちゃうと、二次創作まで食指が伸びないというか。
某電脳機動隊とか某宇宙戦闘機Fとかも作品人気や知名度はスゴいですけど、それで二次創作してた人は原作人気の割に案外少ないです。
知名度で言えばジ◯リアニメとかもそうですかね。

とは言え、絵柄の割に人気が出て二次創作も多かったなぁというのは某魔法少女とか某松とかもあるので、何かしら他にも理由や背景はあるとは思いますけど。

これは考察考証してる人がいっぱいいるからネットだけでなくメディア論とか雑誌系を探してもらえばわかると思いますが、圧倒的に一般読者層が多いんですよ。某海賊漫画は。「pixiv？なにそれ聞いたことない」っていう一般人ですら「全巻持ってる」とか「◯◯編まで読んだ」とか、日常的に言いますからね。学校や職場でも探せば必ず1人くらいは読者が見つかるだろう確率で一般読者がいます。そしてここで指す一般読者は二次創作をしないし読みません。

某海賊漫画に関しては「人気の大部分を一般人が占めている。だから二次創作も人気のわりに少ない」というのが正しいと思います。「日本で超人気のあるアニメなのに二次創作が比較的少ないもの」といえば千と千尋もそうですし、ドラえもんとか色々挙げていけばいっぱいあります。

対して、二次創作で覇権を取ってきた作品はさほど一般人には浸透していません。コナンですら「映画だけは観る」という人が大多数だと思います。
今は時代が変わって若年層を中心にオタクの人口が爆発的に増えましたし、テレビなど大手メディアの露出も増えましたがワンピが話題になっていた頃はオタク＝嫌われ者でしたし、テレビに声優が出演することすら稀でした。（今はバラエティからドキュメンタリーまで色々出てるけど）

という事情を鑑みると「男性人気」「女性人気」などの性差だけで判別できる事例ではないことが容易に推察されます。

自分も２０年以上のんびり二次創作を楽しんでいますが、どのジャンルに行っても過去に活動していたという人を見かけるのであんまり人気がないという印象はないですね。大流行していたという印象も確かにないですが…。
試しに一時期凄く聞いたよな～～ってCP名で駿●屋の中古同人誌検索(逆も表示される)を掛けた所、1万6千冊以上出てきたのですげーーー！！？？となりました。
1年に1000冊弱が発行されている年も4年連続でありました。駿●屋に入ってないコピ本もあると考えると相当な数字ではないですかね？

似たような時期に覇権だったと私が思っているジャンルの一番人気CPを検索したところ累計6000冊程度、一番冊数が出てる年でも800冊程度だったので、当時ネットはあったけど今のようなSNSが無くて自ジャンル外の情報がわざわざ調べないと入ってこなかったのかなー？と思います。
ただ、コミケ参加数を見ると覇権ジャンルが1000～1500なら海賊漫画は300～500という感じで、人気が1カプに集中していたみたいですね。

今回のトピを見て色々検索していたら、腐女子リアタイ沼落ちBBA度診断というのを見かけたのですが、しっかりと某海賊漫画も記載されていました。
同時期に記載されているジャンルの人気CPをやはり駿●屋で検索してみたら1000冊以下ばかりで
1つの組み合わせ(検索仕様上逆リバ含む)で1万冊以上あったのは同じくWJの幕末漫画(1万2千件)や虎と兎のロボアニメ(2万4千件)、国擬人化漫画(1万件)あたりで、こちらは凄く流行っていたという印象があります。
海賊漫画はジャンル全体ではともかく、1カプだけの比較であれば並ぶくらい冊数があるという事は、なんだかんだで流行っていたんだろうなーと思います。

まとめての返信ですみません。
丁寧な分析や考察、解説などコメントくださった皆様ありがとうございました！
昨今の鬼や呪のブームを受けて抱いた素朴な疑問だったのですが、皆さんのコメントを読んでなるほどな〜と納得いたしました。
確かに私の周りでも普段は漫画を読まないと言っている人が、この海賊漫画だけは読んだことがあると言っていました。
また、職場でも男性陣のコミュニケーションツールのような役割を持っているようで、最新刊が発売されるやその話題で盛り上がっている様子を見かけることも多く、オタクかオタクで無いかにかかわらず、また老若男女問わず幅広く支持されているのは間違いないと思います。
反面、確かにこれほど知名度が高く人気な作品であれば一般の目を警戒し、二次創作をする際には出来る限り配慮しようとするのはある意味当然なのかもしれないですね。
特に10年ほど前までは今よりも二次創作は隠れて行うものという意識の人が多かったですし、なおさら…。

余談ではありますが、bTC8ftLPさんのコメントの中にあった
＞これは考察考証してる人がいっぱいいるからネットだけでなくメディア論とか雑誌系を探してもらえばわかると思いますが
という一文を読んで、同じ疑問を抱いていた人は私以外にも大勢いたのだとなんだか少し嬉しくなりました！
もっとも、そのことを今まで知らずにいた自分の無知さは恥ずかしくもありますが…。

本当に皆様ありがとうございました。
無事に疑問が解決でき、すごくすっきりいたしました。