表現を少しだけ工夫したらいかがでしょうか。
・二次創作を「やめる」のではなく「離れる」と言ってみる。
→指し示すものはほぼ同じですが、後者の方が比較的まろやかに聞こえませんか？やめる、ってどうしても残される方には寂しく聞こえるものです。
・二次創作から離れる理由を聞かれたら「自分の中で描きたいとのを描き切ったから」と伝える。
→「捏造に違和感が……」というのはトピ主さんお察しの通り角が立つ表現です。捏造への違和感についてはさて置き、トピ主さんが未練なく二次創作を終えられたということなので、そっちにフォーカスを当ててみてはいかがでしょう。
・そして、「二次創作は離れたけれど、もし良かったら仲良くして欲しい」と伝える。
→ここはお相手次第なので、ジャンルの切れ目が縁の切れ目という可能性もあります。ただ、お相手への気持ちを伝えることで、これからも関係を続けていくきっかけにはなり得ると思います。

嘘をつく必要はありませんが、事実を四角四面に伝える必要もないと私は思います。
表現を婉曲的にする、フォーカスをずらす、あたたかい気持ちはしっかり伝える……。お相手やジャンルへの引け目ではなく、愛情と感謝を伝えられたらきっとと大丈夫です。

二次創作するのも、みるのももうしないってことでしょうか？
であれば「しばらく原作だけ追いかけることにしたんだ」って感じでしょうかね。
ちょっと疲れちゃって、みたいな理由も添えて。

二次創作で繋がったご縁だと思うので、トピ主さんの心情はお伝えすべきかと思います。
理由も間違いなく尋ねられると思いますが、ぼかしてしまいましょう。

そこを隠して「今まで通り仲良くしたい」は、やっぱり不誠実になっちゃうなぁと。
また、その方から今後その話題が出るたびにトピ主さんは辛い思いをしてしまいます。

そういう意味でも、「二次創作はみない、しない。理由は聞かないでほしい」という旨はきちんと伝えた方が良いかなと思いました。