不透明度下げて塗ってると汚くなりやすい気がします（私が上手でないのもありますが）
対処法としては、
・望む透明度で混色を作り、その色をスポイトし不透明度を上げて塗る
・ペンを変えてみる（油彩系のがさっとしたペンは結構塗り重ねても味になりやすいです）
どちらかと言うと厚塗り系な雰囲気にはなりますがご参考までに…。
不透明度を下げて塗るのは仕上げの時くらいですね…。精進せねばと思っております。

私は自分が厚塗りっぽい塗り方をするので参考にならないかもしれませんが、色を濁らせたくないときはレイヤーを分けて色を置き始めます。加えて、置きたい色を新しいレイヤーに置いた後、レイヤー自体の不透明度を調整していい感じになったらどんどん結合していくやり方をすると透明感が出しやすい気がします。

絵の具を何色も混ぜると汚くなるのと同じで不透明度低くして塗り込むスタイルだと確かに色は汚くなりがちですね～
色が綺麗な人は何度も何度も重ねるというよりは最低限の塗り込みしかしていなかったり無意識に汚くならない色選びをしていたり。あとは塗ってから要所要所加工で色を変えていたりしているのかなと。

はっきり上級者向け！とは言えませんが、ある程度の経験を積むまでは色が汚くなってしまうのは仕方ないと思います。