「話題のツイート」で検索してますか？
あっちはフォローしてるユーザーやRT数が多いツイートが優先して表示されるので、検索するアカウントによって結果が異なります。

「最新」にすれば時系列順になるので、こちらであればどのアカウントから検索しても基本的には同じ検索結果になるはずです。
差異が出るとしたら、センシティブ設定やミュート・ブロック、シャドウバンです。
シャドウバンを確認したのは外部ツールなどからでしょうか？
Twitterの仕様が更新されていて、ツール側が古いままで対応できていない可能性もあるので、アカウントを切り替えて検索結果を出して確認するのが確実だと思ってます。
ただシャドウバンについては私も２年前で知識が止まっているので、最新で仕様が変わったりしてたら把握しきれていません…

Twitterも時々、機能についてサイレント修正してたりします。
最近だと今まで一週間前までしか遡れなかった検索方法が、ずっと以前まで遡れるようになっていたり、list検索が一部使えなくなっていたりというのが変更？変化でした。
シャドウバンも何かしらの変更が入ってる可能性があります。

理由は色々あると思いますがその内の一つを。
その検索させたいワードと他の同じ平仮名・片仮名・漢字・英数字が並んでるとうまく検索に反映できないことがたまにあります。

たとえば、ジョンという名前のキャラの誕生日絵を描いたとして、
ジョン誕生日おめでとう！
とツイートするとジョンで検索すると引っかかります。しかし、
ジョンハッピーバースデー！
とツイートするとジョンでは検索に引っかからない時があります。

田中の場合は
田中ハッピーバースデー！
だと引っかかって
田中誕生日おめでとう！だと引っかからない時があります。

わかりにくくてすみません。
ようは検索されたいワードの前後に同じ種類の字（平仮名・片仮名・漢字・英数字）があると何故か上手く検索に反映されない場合がある感じです。
ただ、逆にハッピーバースデーのバースだけ反映される時もあるので…謎です…なので本当にそういう場合がある、程度に思っていただければ。

こんな感じで前後の文字列の組み合わせによって何故かそのワードで検索に反映されないことがちょくちょくあります。