たまに男性向けでも描く者です。
全く詳しくはないので、私もものすごく非効率なやり方してしまってるんだろうなという感じがするので、このトピ気になります…ブックマーク行きです。
とりあえず、私のやり方もお答えします。

おそらくCに近いと思います。フォルダごと複製して、線画の一部を描き直したあとその部分の色も塗り直すか、または色のレイヤーごと線画を選択→回転（画質悪くなっちゃうので有料プラン用とかには使えないのでその場合はトレスし直しますけど）→移動とかしてます。
私は普段の女性向け、たまの男性向けだけでなく、手描きMADもたまにやるのですが、手描きMADで瞬きの動画とかで差分が必要な時にもこういうやり方してます。非効率な気しかしないので、ぜひ他の人の意見も聞きたいところです。

書き出しでのミスを防ぐ方法については、まず元絵が完成したら、その絵を複製して、そっちで差分を作るようにしてます。（ペイントソフトの作品一覧みたいなところには似た絵が2つ並ぶことになりますね。）
元絵は最初のところから、差分は複製した方から、書き出しをすれば、ミスは防げます。まあ…それでもミスしたことありますが…。

男性向けでCG集を描いているものです。

自分のやり方ですが、区切りやすいようなポーズと衣装を最初から計算して、Bパターンで描くことが多いです。
最初から逆算して起承転結の動かし方をちゃんと決めれば、後の作業は格段に楽になります。
また自分が苦手な衣装やポーズは差分を描くのが本当に面倒なので、自分が比較的楽に描ける絵で変化させる、ということが大事だと思います。

ただ人間の体は、一部分だけ動かしているつもりでも、実際は全身が連動して動くことが多い、という問題があります。
その為、頭部しか動かすつもりがない差分でも、結果的には全身を新規で描き下ろすことも多いです。
下手にA～Cパターンで何とかしようとすると、何か不自然に見えて修正に時間を喰うことは珍しくないので。
『一部分だけ変化させても不自然に見えない絵』と『一部分だけ変化させた結果、全身がおかしく見えてしまう絵』の違いを、何となく最初からわかっていると、作業効率は格段に違います。
ですので、ラフや下書きはかなり拘ったほうが良いと思います。
ここで手を抜くと、後で痛い目を見るので。

あれから自分なりにも少し考えた結果、服の着せ替えに関しては服のオン・オフだけでなく
素体レイヤーフォルダを「移動させる」やり方も面白いかもな…と思いました。

食い込み衣装用フォルダ
└食い込み衣装フォルダ
└食い込み肉上書き用(服の食い込み近くの肉を上から描いたレイヤー)
└素体から食い込み消しマスクフォルダ
　└素体フォルダ(移動先)

食い込まない衣装用フォルダ
└衣装フォルダ
　└☐腕パターンA用
　└☑腕パターンB用
└素体フォルダ(移動先)

素体フォルダ
└体
└☐腕パターンA
└☑腕パターンB

みたいな構成で絵を描けば、素体フォルダをあちこちに移動させることで「素体に服を着せる」感覚で素体の修正もしながら作業を進められるんで、出戻りが多い自分でも差分絵を描きやすいかもと感じました。
最終的な出力の時は素体のレイヤーを統合コピーして描く衣装フォルダに配置すれば良いし、マスクで消せるというのが最近知ったテクニックで便利だなって思ってるので、積極的に使っていきたいなと思いました。