ざっくりしたあらすじをTwitterやpixivにアップして、購入希望をアンケートしてみたらどうでしょうか。ハッピーエンドでないものを読みたい人も案外いるものです。

メリバやバッドエンドを描いたことがないので、部数についての回答でなくてすみません。
読者としての立場からになりますが、推しカプのメリバの本も好きで買ったことがあります。

選ぶ基準としては「原作からどれだけ離れているか」と「カプ間の愛情の深さ」が気になります。わりと原作に忠実な話（サイドストーリーとかスピンオフ的な感じ）で、一歩踏み外したところからバッドエンドになる…みたいな構成だと受け入れやすいです。
またメリバやバッドエンドの方が、かえってハッピーエンドよりも「カプ間の愛情の深さ」が感じられる場合があるので（片思い、ヤンデレなど）、そういうのは濃厚な感じで好きです。

以上は個人的な好みになりますが、二次創作は一般的に「原作に忠実」で「カプ間の愛が濃厚」な作品が支持されやすい（部数が出やすい）気がするのですが（そうでない作品がダメ、という意味ではありません）、その点から見てみて、頒布予定の御本はどんな感じでしょうか？
お求めの回答でないかもしれませんが、個人的にハッピーエンド以外も好きなため、少しでも参考になればと思いましたので…。

部数の出具合は本当にいろいろな状況に複雑に左右されるので、仮にここで「多めに出た」「少なかった」というご意見が出たとしてもそのままトピ主さんに当てはめるのは難しいのかなと思います…　トピ主さんの読者層の構成は独自のものですし、ジャンルの傾向や年齢層の影響もあるかなと思います。

アンケートはあてにならないということですが、単純に数を取るのではなく、別の確実な数字とクロスさせるような方法だと精度がまあまあ上がることがあります。(もうお試し済みでしたらすみません)　トピ主さんの場合ですと、例えば選択肢に
1，前の本を買った、メリバも買う
2，前の本を買った、メリバなら買わない
3，前の本を買っていない、メリバ買う
4，前の本を買っていない、メリバ買わない
とすると、1と2の合計得票数でアンケートの母数が前の本の部数に対してどれくらいの割合か推測できるようになり、それだけでも単純に数を聞くより精度の質が違うデータになります。その上で、ジャンル人口の増減、イベントの規模、トピ主さんのフォロワーの増減等々、付随的な要件を加味すると良いかなと…
未来を確実に予測することは誰にもできませんので、あまり臆病にならずに、足りなかったら増刷するくらいの心持ちでもいいのかなと個人的には思います！

他の方への返信も拝見して、私だったら部数を減らすだろうな……と思ったのでコメント失礼します。
過去にバトエンやメリバの本をいくつかのジャンルで出したことがあります。
原作で人が死にまくるジャンルのときは頒布数に影響が出ませんでした。
2次元アイドルジャンル(ジャンル規模大きめ)では、いつも買いに来てくださる方が手に取って下さらなかったかわりに新規に興味を持って下さる方がいらっしゃりトータルで見てやや減。次のイベントでいつも通りのハピエンを書いたところバトエンで興味を持って下さった新規の方もバトエンは手に取らなかった既存の方も手に取って下さったので、最終的にはお客さんが増える結果になりました。
スポーツ漫画原作の時は頒布数がいつもの3分の1になりました。
バトエンよりもパラレル設定の方が顕著に減少傾向が出ると感じています。
過去に出したパラレルはジャンル問わず全て頒布数が伸び悩みました。オリジナル設定だけでなく、原作中に出てくる劇中劇設定のものでもやや減少傾向です。
なので私なら、バトエンでパラレルとなるといつもよりは部数を減らすと思います。
ただトピ主さんは活動ジャンルがかなりマイナーなカップリングとのことですので、供給が少ない分出ている本は多少好みと外れていても片っ端から買うタイプの方もいそうです。なので｢今回内容が人を選ぶもののためあまり数を刷っていません。ご入用の方は早めにスペースまで起こし頂いた方が確実です｣など事前にアナウンスをしておいた方が良いと思います。(大手サークルがやると少部数煽りと言われる場合もありますがマイナージャンルの小規模サークルなら心配はないかと)