はじめに、長文注意です。

こういったところが頭の良さ出るんだろうな、というポイントと
それが顕著だと感じている作品を列挙してみました。
参考になれば幸いです。

■読者が驚く発想
古典で言えば「コロンブスの卵」ですね。
ああいった凡人を驚かせる発想を活かした描写があるかどうかもまた、
作者の頭の良さ・悪さの差が出るのかな、と思います。

よく「作者よりも頭の良いキャラクターは出てこない」と言われます。
頭が悪い作者の漫画には、頭の良いキャラクターは登場しません。

例え登場したとしても、省略されて十分に描かれないか、
何がどう頭が良いのかが伝わらないキャラクターになります。

「あの敵陣の主将を倒してほしい」
～３時間後～
「倒しました」

というように、結果のみの描写になってしまいがちです。
筋肉一筋の強面武将であればそれでも良いですが、
知将であれば、どういった作戦を思いつき如何にしてそれを実行したのかを描くことでキャラが成り立ちますから、
その発想や経過の描写は不可欠です。

また漫画のコンセプトやストーリー展開の上でも、ひねりのある展開や描写によって読者は驚くわけなので、
そういった「やられた」「なるほど！」と読者に言わせるような要素があるかどうかもまた、作者次第に思います。

キャラクターの発想描写では「約束のネバーランド」や「バクマン」
コンセプトの独創性では「私の少年」や「最終兵器彼女」、鈴木みそ「銭」
ストーリーのひねりでは「魔法少女まどか☆マギカ」や「四畳半神話大系」
こういった作品は面白いと感じました。

ビジネス系や脱獄系の作品は発想力が鍵なので、そこが見どころでもあります。
また漫画の描写や展開は平凡だったとしても、
最初の作品コンセプトの発想力だけでもインパクトがあればそれだけでも勝負できるんだな、と思います。
逆に、最初のストーリーは一見平凡に感じても、ひねりや伏線回収などで読者とあっと言わせる作品もまた、やはり面白いですね。
　
　
■裏打ちされたプロセス
実は作者の頭が良かろうが悪かろうが「天才」キャラは描けます。
先程の「倒してくれ」→「倒しました」武将もそうですが、別の例として
天才ハッカーに「アメリカ国防総省にハッキング？朝飯前だね」と言わせてやらせる。
ただそれだけで天才ハッカーキャラは成立するにはします。

ただ、そこに経過・プロセスの描写をするかどうかで、リアリティーやキャラとしての濃さが変わってきます。

ハッキングの手法として
・アメリカ国防総省が運営している広報用サイトの脆弱性からアクセスする
・世界中の家庭端末を間借りして国防総省のサーバーにDOSアタックを仕掛ける
・古いロシアの衛生のコントロールを奪って、アメリカの衛生に接近し受信信号を傍受させる
・ノートパソコンが処理する際に発する微弱な電子音を逆処理させることで処理内容を把握する
・過去に仕掛けたバックドアを利用してアクセスする
などなどが挙げられますが、
果たしてハッカーは最終的にどの手法で目的の情報に辿り着いたのかを描くだけでも活きたキャラになります。

専門的で具体的なレベルではなく触りだけで抽象的な情報だとしても、そういった知識があるかどうか、
また作者が調べるなりして辿り着けているかどうかで、頭の良さ・悪さの差も見えてきます。
漫画家の中には、取材をしっかりして専門知識まで取り入れてる方もいるみたいです。

漫画描写のテンポとして、そういった説明が不要な場合も多々あるので一概には言えませんが、
結果だけを描く作品と経過も描く作品では、やはり後者の方が面白いと感じます。

プロセスがしっかり書き込まれている作品としては、
「コードギアス」、「デスノート」や浦沢直樹「MONSTER」、筒井哲也「予告犯」などを挙げます。
サスペンス・ミステリー・謎解き系の作品はこういった傾向が強そうです。　
　
　
■着眼点が鋭い
やや発想とも似ていますし、頭の善し悪しとも違うかなと思いますが、
物を捉える着眼点・視点が独特だったりするのもまた常人凡人には描けないものだったりします。

着眼点の鋭さが顕著に出やすいのは、日常に隠れた哲学とゲーム作りやその攻略だと思います。

山下和美「不思議な少年」、石黒正数「ネムルバカ」、
あずまきよひこ「よつばと」、安倍吉俊「リューシカ・リューシカ」
福本伸行「賭博黙示録カイジ」、甲斐谷忍「ライアーゲーム」
このあたりの作品は、その着眼点に驚きました。

哲学系の中には疑問を投げつけるだけで答えは出ない、投げっぱなしもあったりはしますが、
まず「疑問に思う」というだけでも、やはり常人とは違うのかなと感じます。

ゲーム系は漫画だけでなく、ボードゲームなどのジャンルでも似たものを多く感じますね。
　
　
■ギャグが面白い
発想も着眼点も良く、更にそれを笑いに昇華させるのは１つの才能です。
お笑い芸人も、頭の良い人が作ったギャグ・コントは何度見聞きしても面白いものです。
落語や噺家さんも然り。

「こちら葛飾区亀有公園前派出所」「さよなら絶望先生」「磯部磯兵衛物語」
「地獄のミサワ」「ポプテピピック」「魁!!クロマティ高校」
これらの作品は描写のインパクトだけではなく、どれも着眼点や発想が面白いと感じました。
　
　
■漫画としての文法が守られつつも破られている
カードゲームには基本ルールがあり、カードには基本ルールを破る効果が書かれている。
その中でバランスを取りつつも相乗効果を得てメタを読んだデッキは強い。

漫画も同じで、読みやすいように基本的な文法というものがあります。
コマ割りだったりテンポだったりストーリー展開だったり。
そういった文法が基本に忠実なようで所々で型破り、
読者にインパクトを与えられているかどうかもまた、漫画の魅力だと思っています。

挑戦的な描写はページ制限のある商業漫画よりも同人誌、
特に大学漫画研究会が発行している「学漫」で多く見られます。

自分はそういった描写が好きなので、
よく各大学の文化祭にお邪魔したり、コミケでも学漫ブースを訪れたりします。

商業でも荒木飛呂彦「ジョジョリオン」や松本大洋「鉄コン筋クリート」には
挑戦的な描写が随所にあるため、興味があったら読んでみて下さい。
　
　
■語彙力があり説明が的確
漫画も小説も、言葉選びと１文の長さに頭の良さが出るかなぁと感じています。
描写も説明も、短すぎると伝わらず、長すぎると回りくどいものです。
しっかりと言葉を選び、短くもなく長くもない文章で的確な表現がなされていると、その作者は頭良いなぁと感じます。
また文章はいくらでも長くすることは出来ますが、短くするのは難しかったりします。
バズったTwitterの短文やキャッチコピーなどは、ネタ要素を抜けば頭の良い人が書いた短文はよく洗練されているなぁと。
自分はここが苦手なので、こういった長文をついつい書いてしまいがちです。　
　
　
以上、長々となりましたが、トピ主様の参考になりましたら幸いです。