プロの漫画家さんも担当編集者さんと協力して話し合いながらストーリーを練ったり
試作品として読み切りを描いてから、設定を連載用に変えて本格連載スタートしたりするので
最初に考えてた矛盾はまだプロトタイプだから、ネームに過ぎないからと気楽に考えたらどうでしょう？
ツイッターで見かけた程度なのですが、書いた小説に感想を書いてくれるサービスもあるようです。添削をしてくれる場合もあるみたいなので、お金が掛かっても大丈夫なら調べてみてこういうサービスを利用して、自分の作品の弱点を明確にするのもありかも。
後は長編ものだと頭が混乱してきたりして、設定を整えるのが難しくなるので
いきなり一本の長編として書くのではなく、書きたい要素を絞って形にしてみるのがいいかと思います。
それでも矛盾してしまう時が出るかと思いますが、発想を逆転して矛盾を覆す要素を捻り出す技術を身につけるとか。
まあ後出し設定は更に新しい矛盾を生み出す結果が多いのですが、それも創作の醍醐味じゃんと無理矢理ポジティブ思考に持って行っちゃいましょう。