かなり独特な計算式だと思います。

値段設定の仕方として主流は、単価方式とコスト積み上げ方式があります。
件の計算式は後者のコスト積み上げ方式ですが、労力をコストに含めてしまうことがまず特異です。

■単価方式
ページ数に相場のページ単価を掛けて調整するという単純な計算式です。
100P×10円/P=1000円 など。
ここから、1000円のままにするか800円にするかなどが調整です。
ページ数が増えるほど単価は8円/Pなど安くなりがちです。
また本のサイズなどによっても変わってくるようです。
飽くまで相場単価のため、多くの人の経験則によって算出された単価の計算式です。

■コスト積み上げ方式
まさにトピ主さんの印刷代÷冊数など、メジャーな計算式かと思います。
件の計算式も、詰まるところは（印刷代＋他のコスト）÷冊数でしょう。

同人誌の価格なのでどんな値段を付けるかは本当に自由です。
結局は、どこまでをコストとするかどうか。
採算度外視の赤字でも良いか、黒字に持っていきたいかなどにもよります。

また掛かったコストから算出する場合も、どこまでをコストとするかの線引によって変わります。
「本を作るために削った日常時間」なども、どう金額に反映させるのか変換式がないので推察になりますが時給換算みたいな算出なのでしょう。
時給1000円くらいで見積もってるのではないでしょうか。
「同人誌作りは趣味」ということで時間コストは０とみなす人が多い中で、時間コストを値段に反映させる人は稀だと思います。
最も「削った日常時間／睡眠時間」なので「１日あたり２時間は制作時間」と決めて、そこからオーバーした時間だけ積み上げているのかも知れませんね。

■最終的な頒布価格
この最後の調整は健全本か成人向けか、一次創作か二次創作かでも変わってきますね。
900円なら1000円にしてしまおう、600円なら500円にしてしまおう、1200円ならそのままで、などなど。

同人趣味も、ずっと赤字続きでは長く続けられない、という金銭事情もあります。
どうせなら黒字の方が経済的にもモチベ的にも長く続けられます。
とはいえ、頒布単価が高くなってしまえば売れ行きが曇り、結局は赤字になってしまうという問題もあります。

2000円以上の値段設定は常連さんでも手が出にくいものです。
約320ページで3200円という値段はかなり強気というか、コスト積み上げすぎなんじゃあないかとちょっと思います。
表紙も依頼されたものということで、高くても良いものだから売れると踏んだ価格設定かも知れませんし、どの程度その方にファンが付いてるのかも分からないのでなんとも言えませんが…

珍しい計算方式だと思います。
やりがい搾取が云々、創作できると知った知人が無償や格安で頼んでくる云々
…と労力はタダじゃない！創作できるのは特殊能力！！と主張する人をよく見ますがそのノリなんですかね？

その計算式だと私の漫画同人誌は28P本で1500円くらいになりますね。
遠征にかかる交通費やイベント出展費のような経費も入れたら更に跳ね上がります。
私は上の方のいう単価方式なので300円で頒布してますけど。

実際に支払った印刷費や出展費だけならともかく
自分が趣味として好きで作っているはずの同人誌の制作時間ですら対価を求めるって
何か違わないかなぁ……という感じです。
個人的な考えですが、一般的にかかる印刷費に自分の都合で上乗せした代金を
(無駄に凝った装丁、分不相応なお高い印刷所での印刷、割増し代金など)
頒布価格に反映させるのも他人の財布を当てにしているようにしか見えず
好きではないので表紙依頼代を足してるのもちょっと嫌です。

まぁ結局のところ同人誌なんて作った人の好きに値段設定すればいいですし
高くても欲しければ買うし、そうじゃなければ買わないだけの話ですけどね。

どんな価格設定でも自由だと思います。
ただ、それと「買う人がいるかどうか」は完全に別物なので、まあ、普通は兼ね合いになるとは思いますが…
いやなら買わなければ良いだけなので、作る本人の好きでいいんじゃないかなと思います。

なお、自分は「在庫を持ちたくないので数冊しか印刷しません」と宣言して100ページほどの本を3000円くらいに設定してる人も見たことがあります。（だいぶ昔なのでうろ覚えてすが…）
それも自由だと思います。