事前に「入稿時のミスで部分的に読み難いページがある」とアナウンスした上で、
読み難い部分のページ分のみ、訂正用データファイルをpixivやboothで配布する……といった対応でよいかと思います。

ページがめちゃくちゃに入れ替わっていた(乱丁)とか、中身が真っ白だった！とか、
そういった本として全く読めないレベルでもない限り、頒布中止＆刷り直しの対応はいらないんじゃないですかね……
もちろん、トピ主さんが「せっかくの同人誌なのに完璧な状態で作れなかったのが心残りで…」と思うのでしたら刷り直しもアリだと思います。でもトピ文を読む限りですと、そこまでするほどのことでも無さそうですし。

訂正の対応は上の方の通りが私もベストだと思います。
通販は書店委託でしょうか？作品コメントの修正ができると思いますので、そちらに追加でデータミスのことは書いておいたほうがいいかと思います。
刷り直したところで全冊回収して交換は無理な話ですし、個人の趣味の同人活動ですからそんなに気にすることもないですよ。
よくある話です。次はミスがない本を作れるといいですね。

ご回答ありがとうございます！
混乱しすぎていて修正データの配布まで頭が回っていませんでした。ありがとうございます。刷り直しはせず修正データ配布て対応しようと思います。重ねての質問で申し訳ないのですが修正データは印刷できるよう600dpiで良いのでしょうか？よろしければまたご意見頂けたら幸いです。
よくある話と言ってもらえて、少し落ち着きました。書店委託なので今日中にコメント修正をお願いしてこようと思います。本当にありがとうございます…！

自分も似たようなミスがありました
割合的には 読めたらいいという人＞印刷したい人 だと思ったので、それほど重くない(スマホやPCで見る用のサイズ)ものをpixivとTwitterに上げて、それぞれに「印刷用はこちら」とboothのリンクを貼りました