クリスタ保存形式（.clip）はRGBで情報を保持しているだけなので
書き出し保存でJPG、TIFF、PSD、PSBのいずれかの形式を選択して
オプションダイアログの「表現色」をCMYKカラーで出力し保存しないとCMYK形式では保存されません。

CMYKのカラープロファイルで保存出来ているなら、その方法でも大丈夫だと思います。

ただ注意が必要なのは、CMKY保存するのは最終版のみとし
もしイラストや色に修正を加える場合は元のPGBファイルに対して修正し、再度最終版としてCMYK保存してください。
色の劣化が発生するので気をつけてください。

基本）
RGBファイルA→修正→CMYK保存B

悪い例）
RGBファイルA→CMYK保存B→B開く→CMYKファイルBをRGB再現→B修正→CMYKをRGB再現したファイルBを更にCMKY変換で保存C
上記は二度手間なカラー変換が入るため色の劣化が激しくなる。

横からだけどためになったトピックありがとう