推しカプというほどでもなかったのですが主人公Aと正ヒロインBがフラグ（主人公の初恋の人がBに似ている。主人公が死に体で帰ってきた時、主人公のことをずっと一途に想っているサブヒロインCの前でBが泣きながら抱きしめる。Bが死にかけのAに人工呼吸をする。Bの幼い時の願いにAはずっと命をかけて戦っている、そもそもAはBにもうずっと惚れていてBも満更ではない等です）もあったのでくっつくと思っていたらBはAのライバルと結ばれ、AはCと結ばれたことがあります。
上記のフラグは何だったのかというと完結後の作者曰くミスリードだったそうで、恋愛メインでもないアクション漫画で恋愛に関するミスリードなんてするんだ？？！！！？と愕然としたことがありました。
このような例は少数派だとは思いますが、あるにはあるので二次創作やファンに公式釣られたと考えるより作者のミスリードや匙加減だったのかもしれないし、そもそも今のトピ主様の推しカプの逆境がミスリードなのかもしれないと考えたら少し楽になるかもしれません。あんまり解決になってなくて御免なさい...。

公式と二次の距離が近いジャンルはいくつか経てきましたが、そこまで露骨なのには出会ったことないですね……お疲れ様です。
男女は公式が自ら相手役レースを煽ることが多いんでまあ修羅ですね。
BLGLは一般向け作品ですとなかなか公式カプがないので非公式同士の争いになりますし、公式として出てくるときはほぼほぼ相手固定なので平和ですが、男女は一般向けでもワンチャンある・相手が一人に絞られていないことが多く大どんでん返しもありえるため、過激派が本気で公式に圧をかけてくるのが恐ろしいです。Wヒロインものだと双方についているカプ厨同士の戦争が激化しすぎて掲示板でジャンルに直接関係ないスレまで出禁になった作品とかもありました。
男女は公式で相手固定かつ他に当て馬や彼氏彼女候補らしきキャラのいないカプを推すに限ります。あるいはマルチエンドで相手を選べるゲームのカプですかね。