私も同担拒否です。初めは同担さんとも仲良くできていたのですが、彼女らが思う推しと私が思う推しがあまりにかけ離れているなと感じて以来同担拒否なんだなと気が付きました。私が同担拒否なのは恐らく「解釈違いを避ける為」なんだと思います。
夢界隈にいるので同担拒否の方はよく見かけます。そこの住人ならまだ理解して貰えそうな印象を受けますが、やはり推しを独り占めしたいという独占欲の強さや、私の○○くんに近付く同担は皆消えろとか言う過激派の面倒臭いイメージが際立って悪い印象を持たれがちなのかな、と思いました。
なので私は夢界隈以外の方に自分が同担拒否である事を明かしていません。同担さん同士仲良くされているのに自分が同担拒否だと言ってしまったら自分に推しの話題を振られにくくなってしまうのでは、という事を恐れているからです。
同担拒否の方が持つ独占欲はなかなか理解され難いと思っています。私としても同担拒否されてない人の方が気軽に話しかけやすいので。

ご友人のやり方は好感が持てます。
素敵な作品を作る方なら少し寂しいですが、理解できます。応援を望むならひっそり応援してあげたいですし、わざわざ突っかかろうとも思いません。
ただ、やはり言わないのが吉だとは思いますね。誰ともつるんでない時点でお察し…くらいが私は心地いいです。
わざわざ口に出して言うと私に近寄らないで！みたいな意思表示に見えてしまいますし、文面の向こうで呪詛を吐かれているかも、なんて邪推してしまいます。
全員に理解して欲しい、というのは結構難しいですね。多分学級会みたいなことになっちゃいますから。
嫌いなものを意思表示することはリスクが伴います。自分の嗜好や創作物が拒まれているのに、それでもあなたが好き！って言える人はそうそういません。まして同人の世界は互助会的な目的で交流する人も多いです。
ただ、彼女の人柄がとてもいいことが分かってもらえれば、みんなうまく距離を置いてくれるんじゃないですかね。