私も同じくweb漫画の再録本をクリスタで作っています。
web公開時はグレスケで、製本時は網点トーンに変換します。
仰る通り「網点トーン」として塗った場合と「グレスケ→トーン変換」では粒揃いが異なりますが、ぶっちゃけ「読んでる側はそんなの大して気にしねえ」です。作業時の利便性を重視して私はこれからもグレスケ→トーン変換でいきます。

個人的にはモアレが出たことは今までにないので、具体的な症例や解決策などをご提示できないのが心苦しいですが……。
無闇に塗りを重ねないことと、どうしても重ねざるを得ない場合は網点設定でずらし、実際にレーザープリンタで印刷して確認してみることぐらいでしょうか。

グレスケとトーンのどちらが好きか？という質問ならトーンです。
ただ、グレスケで作った原稿の場合はどういう作り方をしていたかによってトーン化した際の仕上がりが変わるので、一概にトーンが好き！とは言えないです。

主線が太くて結構黒々とした画面の作り方の方で、バケツではなくブラシで塗りつぶしたっぽい(よく見るとムラがある)グレスケをトーン変換してオンデマ印刷した本は、仰る通りあちこちにモアレが出てめちゃくちゃ汚く、オンデマのテカリも加わったせいで画面がチカチカして物凄く目が疲れました。
グレスケとは言っても、アンチエイリアスを切って濃度も100％で固定したブラシやバケツで塗ってるのなら、トーン化しても何の問題も起きないし見る側も気づかないと思います。