私も昔はアナログ、今はデジタルで描いています。
絵を描いてる環境やツールにもよると思うんですが、色ぬりするペンツールにもよってにじみ具合もちがいますし、レイヤーの機能だけでも乗算のほか、スクリーンとか焼き込みとかをつかっても全然雰囲気かわりますし、にじみ具合がきになるというなら塗る筆の種類をいろいろかえてみて、自分に合うもの探してみたりとかどうですかね。ちなみに影入れるのはレイヤー分けてありますよね…。
納得いくまで調整（色とか乗算具合とか）したほうがいいかも。
アナログのように描くなら、らくがきなら最低限、線画のレイヤー、色塗るレイヤー、影レイヤーでいいと思います。
気合いの一枚絵なら、レイヤーは最初は色ごと、パーツごと、細かくしてたほうがいいと思います。色、加工が途中変更できるのはほんとアナログの頃はほんと考えられませんが、便利になりましたよね…。そして追々自分の感覚でまとめていったらいいと思います。
答えになってなくてすみませんなのですが、ご参考までに。
せっかくなのでいろんな機能つかって、いろいろためしてみてください〜〜！！

色とは感覚的なものではなく、法則性のある自然現象なので
そこの理解を深められると良いかもしれません。

目に見える色の全ては光の反射であり、その色になっている理由がちゃんとあります。
なので「何となくこうだろう」という感覚だけに頼らずに
科学的根拠でこうなる、という勉強を並行して行うことをおすすめします。

これについては「光と色のチュートリアル」という教本がすごくおすすめです。
特にvalue（バリュー）という概念を理解してから色塗が楽になりました。

どうも色がちぐはぐで納得できない…ぼやけた印象になる…という時に
このバリューについて知っておくと修正の手助けになると思います。

もちろんこれだけではなくシーンや絵柄によっても使う色は
変わってくると思います。
あくまで知識のひとつとしてなんですが、これを知っているのと知らないのとでは
結構差が出てくると思いますので、一度見てみてください。