原作は漫画でしょうか。
・セリフの見落とし
絵にばかり気をとられてしまって集中できていない可能性があるのではないかと感じました。
雰囲気だけ受け取ってしまっているのかもしれません。
漫画の場合、絵が好みだったりするとそれで満足して話の理解まで追いついていないとか。

原作を読み終えた後に非公開でいいのでどういう話だったのか、どう感じたのかを書き出す→他の人の原作の感想をチェックして自分の考えと齟齬がないか確認するなど、なるべく誤解を早期に修正するのが良さそうです。
原作を一度読んでから次に読み返すまで期間が空いていることはないでしょうか。
理解できていない間に記憶が薄れる→思い込みで脳内の理解が上書きされている可能性もありそうだと思いました。
違ったらすみません。

読み物にはある程度の定番のパターンがありますが、それを元に理解を進めるにも漫画を読み慣れていないとピンとこない可能性もあります。

あとは先入観を捨てて素直に読む。
意外性や自分の好みの展開を期待し過ぎて辻褄の合わない見当外れな予測を無意識で混ぜ込んでいないか、など。
原作が漫画であればそれほど時間はかからないと思うので、すぐに読み返す癖をつけてはどうでしょうか。

もし原作が小説だったら原作履修のこれといったアドバイスは浮かばないのですが、平易な文(ティーンズ向け、児童向け)の物語を読んで文字慣れするとかですかね。
字書きの方に対してなのに変なアドバイスですみません。

とにかく読み飛ばさない癖をつけないことには情報不足のまま突っ走ってしまうのではないかと思いました。

ちなみに人の感想をチェックする時はTwitterでもいいのですが、短文向きなのと相手が原作を中途半端に追ってる場合は特定のキャラに対する萌え語りばかりでピントがズレている可能性もあるので、一般向けに書いてる人が参考になると思います。
ブックレビューや個人サイトなら人に見られることを意識してある程度まともな文で書かれてるはずなので。

「あとから気づく」「指摘されて気づく」ということですが、指摘されて原作と照らしあわせて気づく(根本的に漏れている)のか、言われてみたら！(思い込みをしていた)のかは少し気になりました。

原因分析の取っ掛かりになればと少し考えてみました。

・まとめた内容(トピ主さんの理解)に解釈やセリフの漏れがある
→原作の読みが甘い、まとめ方がよくないなど。
読み方やまとめ方は既に他の方々が挙げてらっしゃるので割愛します。

・自作と原作の整合性が取れていない
→プロットを固めて整合性をとり、原作を読み返して破綻していないことを確認してから始める
プロットが苦手なら、一度書き終えたところで全体を俯瞰し逆プロットに起こす。原作と対比して整合性を取る
など？

・内容をまとめている、整合性を取ろうとしているのに、いざやるとできない
→思い込みが先行している可能性がある。書きながら都度原作と対比して確認。たとえば推敲のタイミングで一度原作を読みなおしてから、改めて自作を読んでみる、など。

人間の記憶なんてだいたいあやしいので、結局のところ、一番いいのは都度確認かなあと思います。
信頼できる人がいれば、チェックしてもらうのもいいかもですね