確定申告ちゃんとやってるよ。
税理士にやふー知恵袋みたいに相談できるサイト覗くと、その手の相談めちゃくちゃ見かけるから、ちゃんとやらなきゃ！と思って申請してる人はしてる。
お金の絡む話だからみんな呟かないだけだと思う。
ちなみに支援サイトのうち支部のサービス（ファンボ、BOOTH）は源泉徴収を一切してない。ファンティアとか他はやってないから分からん。
確定申告時には支部のだけ源泉未徴収の売上ですって報告して税額自動計算してもらってる。
同人作家への周知は二次創作界隈だといらん火種になりかねんし、日本は累進課税制度だから年収によって節税になる・ならないのケースが多種多様すぎて難しいと思う。
あと確定申告と連動してない住民税だけの手続きは役所にとってもイレギュラー案件だし、物によっては住民税の税額通知から勤め先に副業バレして申告者本人が嫌な思いする可能性まであるし、正直トピ主さんの心配はここで言うだけに留めといた方がいいと思う。