宝石や景色、花なんかは美しいものの代表でよく使われる(共感しやすい)けど、自分の色を出すにはやっぱり画面の外に目を向けて、自分が何を綺麗だと思うか探すしかないと思います。
雨上がりの水溜りだって、靴が濡れて汚くて邪魔だと思うか、晴れた空が映って光ってて綺麗だと思うかは人それぞれだし…。
自分が本当に綺麗だって思わないと説得力なくないですか？だから私は心から綺麗だって思ったものしか比喩に使いません。
「こんなの一般的に綺麗じゃなくない？」って例えだったとしても、もしかしたら小説を通じて誰かが良さに気付いてくれるかもしれないって思うと、考えるのが楽しくないですか？

ただ、例える側のキャラの性格や好みによって言葉は替えます。
普段宝石に馴染みや興味がないであろう不良キャラがいきなり「あいつの瞳は宝石のように…」って言いだしたら変だと思うので、そのキャラにとって身近なもので例えるようにします。
黒い瞳の例えも、宝石好きな金持ちキャラだったら「宝石のような～」がしっくりきますが、音楽好きでヘッドフォンにも拘ってるキャラだったら「愛用しているヘッドフォンの光沢を思い出させる瞳」って私だったら書いちゃうかもしれません。

なんとなく空系は美しそうな気がしますね(夜空、星空、暁…みたいな)
宝石も美しそうな気がしますが、読み手がその宝石を知ってるかどうかにもよるので悩む時があります。私は「タンザナイト」という宝石が綺麗で、魅力的な瞳の例えにたまに使うんですが、読み手によっては「タンザナイトってどんな色？」っていう疑問の方に気を取られてしまいそうな気がしますし、他の方のコメントにもあるようにそのキャラが宝石の例えを口にしそうかどうかというのもあるので宝石系の例えは使いどころによるかなと思います。
◯◯のような、という例えをしたときに、その「◯◯」の部分だけで美しさを感じるものかどうかを考えてみるとどうでしょうか。トピ主様が「宝石」「バラ」「コーヒー」に美しさを感じるかどうか、ということです。空は空だけで美しさを感じるし、宝石は宝石だけで美しさを感じるし、多分これは一般的に多くの人がそうだからこそよく使われていて外れがないのかなと思います。トピ主様が美しいと感じるなら「暖かな陽だまりのような笑顔」や「大都会の夜景のようにきらめく瞳」や「出来立てのいちごジャムのように赤いほっぺた」とかでも美しさの例えになるのかなと思います。
あとはそのキャラ視点で書いてるなら、そのキャラが「美しい」と感じそうなものを例えに用いてみるとか…例えば海が好きなキャラクターだったら、そのキャラ自身の容姿の例えに海を使うのではなく、そのキャラから見た相手の表情を「凪いだ海のように優しさを映して」と描写するとか…そのキャラが「海が好き」ということが周知されていればいるほど、そのキャラが使う「海」の例えに特別な意味が出るような気がします。

でも例えを考えすぎると逆に「よくわからん」という風にもなりそうなので難しいですね…ご参考までに…

皆さんありがとうございます。
皆さんおっしゃっていますが、例えを使うキャラの美的感覚に合う褒め言葉や作者が美しいと思うものに喩えるというお話、すごく勉強になりました。
一般的な学生が容姿をマニアックな宝石にたとえたら、なんだ？ってなりますよね。実際本を読んでいて知らない和名色や知らない宝石に例えれてそれをググったことあるな、と思い出しました。(勉強になるな、博識だな、と思い、それを調べる手間を気にしていませんでした。)
私はコーヒーのような黒い瞳は美しい例えに思えないと書きましたが、コーヒーのような瞳を美しいと思う人もいますよね。
ただ、いかにも美しい人を表す表現の仕方は勉強したいので、JUNE系読んでいきたいです。

＞あとは表現になってくるけど「青い海のような瞳」という「～～のような」表現は単調になりやすいので、「その瞳には海が宿っている」とか主語を先頭に持ってきて決めつけたりもするよ。

これ、ような、を使いすぎていたので本当にありがたい……ありがとうございました！