＞グレースケールとモノクロ二値の混在についてなんですが、これはやはり印刷所の仕様によると解釈していいのでしょうか。

同じページにグレスケと二値の混同でも問題ない印刷所もあれば、違うページならOKの印刷所、グレスケか二値のどちらか一方でないと受け付けてくれない印刷所...様々です。原稿を執筆する前にあらかじめ目星をつけておくことをオススメします。

＞もしグレースケールを併用するとして、その際に使用するグレーなのですが、これはカラーパレットから適当にグレーっぽい色を選べばいいのでしょうか。

グレーっぽい色を選んでOKだと思います。もし心配でしたら、レイヤー自体をグレーレイヤーにして描写すると確実です。(https://www.clip-studio.com/clip_site/support/help/detail/svc/53/tid/36709)

どっちみち、最後にレイヤーを全て結合させてグレースケールで書き出すと思うので、仮にカラー色が混じっていたとしても勝手にグレー色にされます。

＞マンガ用グラデーションをモノクロで貼るとかなり網点が荒くて、レイヤープロパティで線数をいじるよりも不透明度を60くらいまで下げた方がしっくりきます。これは問題ないでしょうか？

ちょっとよく理解できなくて申し訳ありません。ただ、画面で見るのと、実際に印刷された紙面で見るのとでは違いが出てくると思うので、実際に印刷して確認してみることをおすすめします。特にイメージと差異がなければそのままでもいいと思います。

上でも挙げられていますが、グレスケとモノクロの混在は避けた方がいいと思います。
また、最終的にデータを書き出す際の表現色でグレスケかトーンを指定できます。グレスケで作業したものもトーンにできますが、その場合線画のアンチエイリアスに注意が必要なため、初めに原稿データを作る時からグレスケもしくはモノクロ(トーン)で指定し作業する方が印刷時の失敗は少ないかと思います。

マンガ用グラデーションは不透明度を下げても問題ありませんが、下に線やトーンを塗っている場合は透けて見えるので表現によります。
粒が荒く見えるのは画面上での見え方で、不透明度を下げると粒が小さくなります。粒が大きく見えるのはその部分の色が濃いだけの話です。
一番はコンビニコピーなどでもいいので印刷しての確認が分かりやすいですが、作業画面自体を拡大縮小しても見え方はかなり変わります。おおよそ25%での表示にすると印刷時に近い見え方になりますので、とりあえずの確認をしたい時は試してみてください。

グレスケ作業での色選びについてはあまりグレスケで作業をしないので詳しくなくすみません。ただ、色選びの際に赤みのあるグレーなど色の彩度が混ざっていると、グレスケで書き出す際に作業時と色味が変わる可能性があるかと思います。作業時に表現色をグレーにしていれば問題ありません。

お三方ありがとうございます！やはりグレスケと二値は初心者は混在させない方が良さそうというのと、どうしてもというならあらかじめ印刷所にも目星をつけておかねばならないと分かりスッキリしました。グレーの色、グラデーションの不透明度についてもお答え頂き本当にありがとうございます。分からないことはその都度調べてはいるものの、やはりこうしてピンポイントな質問に答えて頂けるのは本当に助かりました。色々学びにもなり大変感謝しております。また何かありましたらどうかよろしくお願いします。ありがとうございました！
(ちなみにグラデーション云々のところ書き方が悪く申し訳ありません。つまり画像のようにマンガ用グラデーションを右のように不透明度を下げて使用しても良いか、の意でした。すみません)