いいねが通知されない理由はいくつかあります。
　
　
①フォワロー外の鍵垢
フォロワーされてない鍵垢からのいいね・リツイートの通知はこないのがTwitterの仕様です。
そのため、通知が来なくてもいいね数が増えている、いいね数といいねしたユーザー数が不一致の場合には
フォロワー外の鍵垢がいいねしたことを示唆しています。
　
　
②通知規制
シャドウバンされているユーザーがなりやすい状態です。
Twitterはいいね・リツイートをすると相手に通知が行きます。
それを利用して自アカウントの宣伝しようと、いいね・リツイートをしまくる「通知スパム行為」というのがあります。
これをさせないために、一定時間内に一定数以上のいいね・リツイートをすると「通知規制」となります。
（一定時間と一定数は、アカウントの信用度によって変わります。）
軽いシャドウバンのようなものですが、この状態で引き続きいいね・リツイートを過剰にし続けると本格的なシャドウバンやアカウントロックなどに発展します。
　
　
③その会話をミュート
バズったツイートなどは通知が大変なことになります。
そんな時に、バズった自分のツイートを「その会話をミュート」すると、そのツイートに付くリプ・いいね・RTといった通知を切ることが出来ます。
　
　
>>ツイッターの通知全ONにしてる
とのことなので、③はなさそうですね。
なので、①か②だと思います。