ぜんぜん良いと思いますよっ！ Webと即売会じゃリーチする読者も違いますし、無理なく発行する、というのもとても大事なことだと思います。 いろいろ考えてしまっていつまでも本が作れないよりは、ご自身の中でできる範囲で考えたほうが、結果的に同人活動が楽しくなるかと！
最近だとむしろその方が多くの人に知ってもらいやすくていいと思います。 自分は本にする締切がないとコンスタントに描けないので、むしろ羨ましいです…
自分の周りからは「どれもpixivやtwitterにあげてたヤツじゃん」って言われること多いんですけど、即売会向けってことはそれ以外の繋がりのない人たち向けにもターゲッティングしているので、WEB掲載済みかどうかはあんまりとやかく言わないで欲しいなぁーとは思います。 とはいえ、WEB版は解像度低めにしておくとか、描き下ろしもそれとなく何枚か入れておくとかという工夫はしておくべきだと考えています。
私のいるジャンルではよく行われていますが文句を言ってる方は(自分が分かる範囲では)目にしたことはなくてむしろ紙で読みたいって意見の方が多いですね。 結局買うか買わないかは読み手が選ぶことなので文句を言われる筋合いはないですし、書き手も自分のやりやすいスタイルで活動するのが一番ですよ。
自分はまさにソレです。WEBで上げて、ある程度たまったら本にすると宣言しています。 WEBのほうが多くの人に見てもらえて嬉しい反面、本を購入してくれる人数はWEB閲覧人数と比べると雲泥の差ですが…。（自分の場合） あまり気張らず、無理のないペースで創作されるのがよろしいかと思います。