一次創作か二次創作か分かりませんが、基本的に一次創作と思ってコメントします。

まずは思いついたネタをメモしておくこと。
そして整理しつつ、しっかりとストーリーの「木」を意識した構成になるよう整えることが肝心かなと思います。

ストーリーは考える上でよく「木」に例えられます。
大筋の話が「幹」で、サイドストーリーが「枝葉」って感じですね。
トピ主さんが悩んでいるのは幹がぶつ切りになっていて繋がらない「丸太」現象（勝手に名前付けてます）でしょうか。
そのへんもちょっとよく分からなかったので、とりあえず列挙していきますね。

・枝葉をただ集める
４コマ漫画系とかまさにそうだと思うんですが、日常シーンの切り貼りの連続じゃないですか。
ああいう路線でも良いと思います。
二次創作同人誌でも、短い萌えシーンだけ描いて白紙ページで区切って、ページめくるとまた短めの萌えシーン漫画、みたいな構成はたまに見かけます。
一本、筋の通った話でなくても切り貼りの連続でもそれなりに楽しめたりします。
特に日常系物を描いていると逆に大筋のストーリーはない方が長く描けるし長く楽しめます。
コボちゃん とか らき☆すた とか、そんなイメージです。

・枝葉から幹を辿る
要は枝葉しかないからストーリーが繋がらないわけで。
枝葉は思いついたらメモするなりしてキープしつつ、しっかりと幹を作ります。
そして、その幹にメモった枝葉を刺して木にしていくパターンです。
なので幹となるストーリーをまずは落ち着いて作ってみる。

・丸太を繋げて木にする
枝葉とちょっと似てますが。
こちらは「１話完結型」で単発話をしつつ、大筋も徐々に進行していく感じです。
刑事モノとかこの手法めっちゃ多いですよね。
名探偵コナン とか ブラック・リスト が良い例だと思ってます。
単発で事件を解決しつつ、その裏で本筋として巨悪との戦いや思惑が蠢いていた的な。
丸太が用意できているなら、まずは丸太のあらすじを書き出して小話タイトルを目次にして見ましょう。
で、その小話タイトルを並び替えたり、大筋からズレるようなら丸太の中身を修正したり。

・丸太を組み合わせて筏や家にする
AさんとBさんをそれぞれ主人公にした小話を作って、それを立体交差させる。
丸太を組み合わせて家を作る感覚でしょうか。
もしifとか夢オチ、または平行描写なんかをするなら筏や壁みたいな感覚です。
小話単体が平凡でも構成自体がユニークなので、キレイにまとまればそれっぽく良い作品になります。
短編集みたいな作品にも向いた手法だと思っています。
　
　　
　
自分の場合ですが次のようなファイルを作って整理しながらお話を考えます。
・世界観や設定
・登場人物と所属機関や相関関係
・大筋の話、各話のインデックスと小話あらすじ
・各ストーリーファイル
・メモ（シーン集、ストーリー急展開、事件・事故、モブキャラ）
イメージとしては、wikiと物語を同時並行で作ってる感じです。
「大筋の話、各話のインデックスと小話あらすじ」を分かりやすくまとめたファイルを作ってから、実際の小話を細かく考えていきます。
「入れたいシーン集」とかもその時に拾っていく感じです。
　
　
ファンタジーもので例えてみます。
枝葉は日常シーン、例えば狩ってきた動物を調理して食事、傷の手当をしてたら良い雰囲気に…とか。
丸太は１話完結、例えばクエストを受注して達成したり、ダンジョンを１つ攻略したり。
幹は大筋、主人公が隣町の娘を凶暴なクマから助けて仲良くなる恋愛物語、果て地の国が挙兵して次々を近隣諸国を蹂躙する中で主人公たちの国も戦争に備えている、とか。
PT構成：主人公、少女、弓エルフ(元敵国)、冒険者ゾンビ

［修行編］PT集め、実力を付けるとこまで。
出会い：主人公が隣町に行く途中でクマに襲われている少女を助ける
↓５年後
主人公が隣町に買い物、ついでに少女に会う。
　└最果ての国が挙兵して近隣諸国を蹂躙してるとの噂が流れる。
　└戦争に備えようという機運を快く思わない少女と主人公
最果ての国の密偵をたまたま見かけてしまう主人公、危機感が募る
戦士になるためギルドに入って鍛えようと決心。それを聞いた少女もこっそりギルド入りする。
↓
初心者用に簡単なクエストを受けて小遣いを貰い、少女にプレゼントを贈ろうと考える。
同じクエストに少女もいて混乱するが、とりあえずクエストを達成する。
↓
狼100頭の退治クエスト
　└出会った頃を思い出す。あのとき苦労したクマも今では簡単に倒せるように。
　└と思ったら油断してケガをする。治療してたら良い雰囲気に。←ここで邪魔が入る。
　└同じく森で狼狩りをしていた同業者の弓使いエルフと出会う。3人で200匹倒す。
↓
以降はしばらく３人でクエストを２～３こなす。
　└弓エルフが狩ってきたリスで飯を作る。変わった料理だが意外と美味い。
↓
クエスト中、古びたダンジョンを発見する。
　└入り口に敵意のないアンデッドゾンビがいる。かつてこのダンジョン探索中に亡くなった冒険者。
　└４人でダンジョン探索。←２：２に分かれてしまうアクシデント
　　└冒険者ゾンビの身の上話。
　└合流、ダンジョン攻略。冒険者ゾンビ成仏するかと思いきやしなかった。
　　└街でソンビの腐敗臭を消す消臭剤を買う。
↓
以降はしばらく４人でクエストを２～３こなす。
　└途中、冒険者ゾンビが食人衝動を我慢できずに主人公に襲いかかるシーンを入れたい。
　└弓エルフが実は敵国の密偵だったことを匂わす描写。
　　└しかし主人公たちに惹かれて、ひたすら蹂躙する祖国のやり方に疑問を覚える。

［戦争編］戦争して主人公たちの国が勝利する。親しい仲間は3人くらい戦死。敵国首脳陣は海外亡命、再軍備。
敵国、主人公サイドも軍備を整える。
なんだかんだクエストやってる内に知り合いが10人くらいになる。
国が志願兵を募っていたので軍に入る主人公たち10人。
弓エルフがPT離脱、祖国に密偵結果を報告。
↓
中略：自国と敵国を交互に描写。
　└弓エルフの葛藤を描きたい。
↓
いざ進軍となる前に弓エルフが祖国を裏切って主人公たちに情報提供。
　当然周囲から信用されないが主人公は弓エルフを信じる。
　一個小隊のゲリラ部隊で虚を突き敵を撹乱させて欲しいと将軍に進言、認められる。
主人公たちの小隊のおかげで戦いは引き分けとなる。
弓エルフは二重スパイとして敵国に戻る。
　└メモ：後に二重スパイがバレて処刑されそうになるが、ギリギリ主人公たちが間に合う
↓
中略
　└最終的に自国が勝利する。
　└が、敵国首脳陣と一部の戦力が海外に逃亡。逃亡地で再軍備を図る。
　
　
みたいな感じで私は あらすじ を組み立てます。
繰り返しにはなりますが、まずは思いついたネタをメモしておくこと。
そして整理しつつ、しっかりとストーリーの「木」を意識した構成になるよう整えることが肝心かなと思います。
ネタが不足しているようでも、書き出して整理している内に穴埋め的に出てきたりします。
上記で言うとゾンビの食人衝動とか弓エルフの二重スパイとかは書いてる中で思いつきました。
そうやって「木」の骨組みを作ってから徐々に思いついたネタで「肉」付けしていけば良いんじゃないでしょうか。