同じく同人活動しているものです。
通販手数料というのは、通販サイトを利用するにあたっての手数料という解釈ですが、あっていますでしょうか？

BOOTHをはじめ、サービスサイトを介した通販ですと手数料がかかることは割と知られていることですし(また、その手数料がどれくらいかかるかも調べられると思います)、それを上乗せすることは特に問題ないと思っています。

逆に、通販サイト利用時のシステム手数料を上乗せしなければ、その分手に入れられる同人誌の価値が下がってしまうと思い、私は通販時には「手数料を踏まえて価格設定をしています」と記載の上で上乗せしています。

たとえば、1冊300円の本を例とします。
【イベント会場】
300円(同人誌)＋交通費(各自によって異なる)
【通販】
300円(同人誌270円＋システム手数料10 %の30円)＋匿名手数料＋送料

あくまで手数料が同人誌に加算されると仮定した場合になりますが、上記のように考えると、通販のほうが同人誌の価値としてややおちてしまう、となると思います。
※あくまで個人の考えですので、すべての人がそう思っているとは思いません

このご時世ですので、イベント頒布は難しく、通販が主流になるとは思います。ただ、このご時世だからこそ、イベントまで足を運んでくださった人が手にしてくださる時と、自宅からネットで数ステップで購入できるのに差が生じないのは無理があるのではないか、とも思います。特に、ネット通販は自家通販でない限りシステムを利用するための手数料がかかることが多いですが、それと会場まで実際に足を運ぶ際の労力と考えたら安いものと思います。

ただ、「通販で買う場合に、イベント価格と同じでも特に何とも思わないか」という点には、正直何も思わないです。というのも、ほしい本であれば金額は気にしないためです。

長々と、またもし投稿について理解が違った点がありましたらすみません。
最終的に金額を決めるのは投稿者様です。「迷惑をかけてしまうんじゃないか」という点については、であれば理由を明記するなどしてリスクを回避されるのがいいのではないかと感じました。

私の場合ですが、例えば会場頒布500円の本の場合
　卸値350円
　店頭価格550円(税込)
　送料別途
という感じにしています。
この場合、手数料として200円かかっているのですが、
150円は自腹、50円の消費税分だけ購入者さんに負担して貰うようにしています。
委託をし始めたばかりなので、少しでも手にとって欲しいな、という気持ちから少し抑えめにしています。
しかし現状ではまったく赤字なので、後々は後述のパターンにしたいと思っています。

書店委託の人は
　卸値490円
　店頭価格770円(税込)
　送料別途
としている人が多いですね。
会場頒布が500円なので、そのまま手数料を上乗せした価格です。
個人的にはこちらの方がスタンダードですし、知り合いもこのパターンで委託しています。