飽くまで個人の考えであることを前提に書いていきます。

■利益と営利
利益が出ることと営利であることはイコールではないので、
個人がコミッション活動として二次創作の報酬を得ることは多くが非営利として見なされます。
（公式ガイドラインなどで「利益」が出ることを禁止している場合はこの限りではありません。）

営利的な活動というのは、同人活動の域を超えて法人化した企業レベルで一般商流に出す行為などを指します。
大量生産が可能な印刷グッズを個人頒布の量を超えて大量に流通させるといった行為は「営利活動」です。
また、無料配布ノベルティーなどであっても法人活動として二次創作を利用する場合も「営利活動」と見なされます。
これについては過去に言及したことがあるので、参考にしてみて下さい。
　同人誌の営利目的NGって、黒字や赤字と関係無くないですか？
　https://cremu.jp/topics/19469
ただ、法人化しているかどうかや大量の基準などは権利元によって判断基準は異なるでしょうし、定量的な目安はありません。
また、リンク先にも書いていますが、同人書店やフリーランスの二次創作はどう扱うべきかは正直なところ分かりません。
しかし、基本的に個人の趣味活動レベルであれば「営利活動」として問題視はされないのが実情です。
　
　
■二次利用と二次創作
またskebにおける「二次利用」禁止は、二次創作を意味するものではありません。
https://skebnuma.com/archives/387
例えばゲーム内のスクリーンショットを切り貼りして利用したり、アニメのキャプチャ背景を利用するといった行為が「二次利用」に該当します。
実際、skeb内には二次創作のコミッションは多数あり、これらが規制されていないことからもskeb側は二次創作を禁止していないことは明白です。
　
　
■キャラメイクゲームの二次創作
多くのキャラメイクできるゲームなどでは、アバター（作ったキャラ）のイラストなども「二次創作」となります。
装備品や顔の組み合わせなどのデザインはゲームのものを元にしていることがほとんどだからです。
珍しいケースとして「うちの子」などのオリキャラをキャラメイクで再現している場合などは少し事情が異なるかも知れませんが、
基本的には「二次創作」として扱っていいかと思います。

・オリキャラA、オリキャラ世界α
・再現アバターB、キャラメイクゲームβ

ゲームβでオリキャラAを再現して作成したアバターB、そのゲームβ内装備・衣装のイラスト
→二次創作

オリキャラAの資料と再現アバターBの資料を提示された上でのゲームβには存在しない衣装イラスト
→（依頼した側）一次創作、（依頼受ける側）二次創作
このケースで再現アバターBを資料として提示するのは、依頼側が絵を描けず他に資料もたくさん作れないため
飽くまで再現アバターBの画像を参考資料として提示しているだけで、描いて欲しいのはアバターBではなくオリキャラAだと推察するため

■まとめ
私個人の判断としては
・コミッションサイトが二次創作OK
・キャラメイクゲームも二次創作OK、営利活動はNGでも個人の利益活動はOK
という条件や判断で、コミッションは受けます。