赤字垂れ流している会社だって、営利目的で会社を経営していますよね？
もちろんそれが長引けば資金が底をつくし、銀行からも融資を受けられずに破綻しますから、改善しようと業務の見直しをするでしょう。

二次創作の同人誌だって、わたしは営利目的で法人化してやってます！って言う人現れて、その人が大赤字だったとしても、同人誌を売って会社を大きくすることを目的とした法人であるなら、なんらかの制裁はあるかもしれません。

二次創作の黒字化についてあれこれ言われますが、黒字の大きさ、例えば年間で億単位で稼いでいるとなったら誰が見ても営利目的でしょう。
でも5000円なら？黒字だけど、営利目的と言われたら首を傾げる人が大半でしょう。

イコールではありません。
普通の企業を考えてもらうとわかると思います。企業は営利目的で営業していますが、黒字になったり赤字になったりします。
同人誌は著作権（販売によって本来著作権者が得られる財産的権利）を侵害しているかどうかグレーゾーンですので、「赤字なので財産を得ていません」は「著作権者の権利を侵害していません」と主張できるよう下準備しているようなものです。
実際は赤字であっても販売によって金銭の授受を行っている（販売者は財産を得ている）ため、同人誌が著作権侵害だとなったら上記の主張は通らなくなります。
ちなみに、同人誌について「赤字だから」「頒布だから」と説明されることがありますが、現実には譲渡（金銭の授受を伴う販売）をしているため、どちらも著作権者の権利を侵害していない根拠にはならないです。

営利と利益の違いについてはいつかまとめようとは思っていたので、いい機会ですしコメントします。
飽くまで私見とするものだという前提でお願いします。

■営利と利益
営利企業でも利益が赤字になることはあり、
非営利団体でも利益が黒字になることはあります。
つまり利益が出る黒字＝営利目的ではありません。

■営利目的とは
同人誌ガイドラインなどでも頻出する「営利目的」ですが、一体どういう意味なのかというと
「専ら売ることを目的にする」「利益第一主義」のことを言い、基本的には営利法人・企業的な活動を指します。
しかしながら同人活動の大半は「売ること」ではなく「創ること」が第一目的の趣味活動です。
そもそも作らなければ売れるものも出来ませんから。
そのため、クリエイティブ性のある創作活動・同人活動は「営利目的」と見なされることはほとんどありません。
　
　
■営利目的の同人活動とは？
しかし、中には明らかに営利目的と判断される同人活動が存在します。
例をいくつか挙げます。
例）イラスト外注グッズ
多くのグッズ製作は、自ら絵を描いてグッズ化する場合はほとんどです。
しかし中には、人気の絵描きに絵の依頼をして、その絵を使ってグッズを作る人達がいます。
そういったグッズサークルは１回のイベントで、グッズ制作費（イラスト代・グッズ印刷費）で20万円の投資をして100万円の利益を得るようなことを繰り返しています。
こうした行為はクリエイティブ性がなく、営利目的とされます。
ジャンルによってはグッズ製作がガイドラインでNGになっているのは、こうしたサークルが存在するためです。

例）主催が参加しないアンソロ
合同誌やアンソロの多くは、主催自らも内容を考えて描き/書き頒布するものです。
しかし中には、主催は人気の絵描きに原稿を依頼して謝礼を少しばかり払うのみで、主催本人は描きもしないという人もいます。
そういった人気絵描きのネームバリューを釣り餌に編集者のようなことしかしないサークルのアンソロ・合同誌というのも存在します。
こういった行為は漫画「げんしけん」作中でも嫌われる行為として描かれたため警戒する絵描きも増えましたが、少数ながらまだ存在します。
　
　
■ガイドライン上の活動制限について
しかし、いくら非営利活動であっても、公式ガイドラインに「売上30万円未満」「利益30万円未満」と記載がある場合は、それを遵守しなければなりません。

ちなみに、売上と利益の違いは下記の通りです。
売上：売って得たお金
　　　同人誌(500円)*50部=25000円の売上
利益：売って得たお金から制作費（狭義）を引いたもの
　　　同人誌(500円)*50部-印刷費20000円=5000円の利益
利益：売って得たお金から経費（広義）を引いたもの
　　　同人誌(500円)*50部-印刷費20000円-交通費5000円-電気代2000円=2000円のマイナス利益

経費・制作費をどこまで含めるかは個人によってもかなり違います。
そのため、ガイドラインで数字で記載しているなら「売上30万円未満」という形で価格と頒布数の制限をかけていることがほとんどです。
　
　
■個人事業主やフリーランスイラストレーターの同人活動は？
これについてはかなり難しい問題だと感じています。
そもそもこういった人たちは「二次創作」ではなく「一次創作」の創作活動で食べていける人たちが多いです。
そのため、わざわざ「二次創作」の同人誌を出す人もあまりいません。

ただ、いわゆる「職業：同人作家」のような人の同人活動は趣味なのか仕事なのかはかなり怪しいです。
同人・漫画・オタク業界的には「作家のたまご」「有名同人作家」として黙認されている現状があります。

しかし、営利法人と個人事業主は法的にも社会的にも大きな違いがあります。
そのため法人化していないのであれば、例え個人事業主であっても「営利目的」とは言えないというのが個人の意見です。

ただこれも飽くまで個人の主観ですが、同人活動での収益が主収入を超える場合、またはそれだけで生活できてしまう金額に達している場合は「営利活動」と見なされても仕方ない面があると感じます。
そのくらい知名度があるクリエイターであれば、収益率を下げて黒字化対策をするか、二次創作ではなく一次創作を主軸にしてクリエイター人生を進むのが善き選択と考えます。
　
　
■まとめ
・営利と利益は違うので、利益＝営利目的とはならない
・営利目的とは営利法人活動を指すため、サークル活動は基本的に含まれない
・創作性がなく利益率が高い同人活動は営利目的と見なされても仕方ない