3D人形は2体先にだしておきます。体型調整も先に行います。自分はクリスタからダウンロードした体型を適用することも多いです。人形のサイズを統一できない理由は、【直接人形のサイズを変更している】からではありませんか？人形の【見た目上のサイズを変更するやり方】には2つあって、
①直接人形のサイズを変更する＝人形をクリックした時に出る◯のハンドルを調整して、人形自体の大きさを変更するやり方
②カメラのより方を変更する＝人形のサイズを変更せずに、見た目の大きさだけ変えるやり方
があります。オススメなのは断然②です。

ポーズが変わってしまうとのことですが、どちらかのポーズにロック（鍵）をかけるorどちらかのポーズを非表示にしてみてはどうですか。ロックをかければ触った時に違う方の人形を選択してしまうこともなくなります。やり方はググればすぐに出てきます。
自分はポーズレイヤーを複製して、人物1をいじるようのレイヤーと人物2をいじるようのレイヤーに分けることもあります。その場合、3Dレイヤーにもマスクがかけられますので、変に重なったところは消しゴムで消すとかの荒業をすることもあります。