何を引き換えにするか、ですよね。
結局のところ、マナーの悪さによる不快感を我慢できるなら参加し続ける、我慢できないならオンラインのみ、どちらを選ぶ？ という話になると思います。冷たい言い方かもしれませんがご容赦ください。
そういったマナーの悪さや運営の体質などを変えようとして変えられるかといえば無理な話ですからね。

私ならあと一回くらい気合入れた本を持って出て、周囲に「今回で別のイベントに移るわー」とひっそり漏らしてから去ります。ホントに別のイベントに出るもよしオンラインだけにするもよし、まずここでストレス回避ができます。
すると、口には出さないけど同じこと思ってたサークルさん達も「じゃあウチも移るか…」と考える可能性が出てきます。で本当に移るサークルさんが出てくるかも……？

本来であれば、そういった迷惑行為の例はイベントのパンフレット記載などによって注意喚起されるべき内容だと思います。
ただコミケとは違い、オンリーイベントはそのあたり全体的に緩い傾向があるので、イベントとして対応してもらうのは難しいかも知れません。

となれば個人で出来ることは何か。
思いつくのは、そういった迷惑行為の例を見かけた、止めてほしいといった内容の
簡単なエッセイ漫画をTwitterに投稿するというやつですかね。
n番煎じだと見られるかも知れませんが、肝心なのは以下の３つだと思います。

１．過去に何度も似た喚起がありながらも、未だに迷惑行為がなくなっていない
２．なぜそれが迷惑行為にあたるのか、明確な理由を記載する
３．迷惑行為が横行するとどうなるのかを展望する

１に関しては、すでに自分も似たような迷惑行為を綴ったエッセイ漫画を見かけたことがあるので、
ｎ番煎じだとしてもなぜ何度も喚起するしているのか、という理由付けは拡散の原動力になりえます。

また若い人がジャンルの中心とのことでした。
若い内は、頭ごなしに注意しても受け入れてはくれません。
そこになぜ怒られるのか、なぜやってはいけないのかという理由があれば、存外納得してくれます。
それが２の理由です。

３についても同様で、迷惑行為を止めさせるための説得材料です。
また、「将来、イベント自体がなくなるかも知れない」「イベントを嫌がってサークル参加者が離れていってしまう」という
危機感を煽ることで、被害加害の迷惑行為に関わっていなくてもイベント参加者であれば積極的に拡散に寄与してくれるかと思います。

オタクはよく他人にはそれを許さないが、自分は許されるという自分を特別視してしまうダブルスタンダードが多く見受けられます。
会場内で迷惑行為している人もそういったダブスタを抱えているのでしょう…
集団で集まって大声で叫ぶなど、やってることはコンビニにたむろしてるヤンキーと変わりません。
公式ロゴのグッズなど、ホントにそのジャンルでの二次創作が禁止されるレベルです。
新刊交換もサークル参加者同士の挨拶でそういったものがあると聞きかじってやっているのでしょう。
実際にはお歳暮のやりとりみたいなもので、気持ちも大切ですが価値も等しくないと成り立たないものだと教える必要があります。

妙案としては、先程のエッセイ漫画を簡単な折本にして、まさに迷惑行為をしている集団・個人に配布してしまうというものです。
もちろん、イベント会場内での頒布活動の１つなので、イベントスタッフの了解は必要になりますが、
イベントスタッフが注意しないなら参加者が注意するしかないわけです。
ただ注意しても空気が悪くなるだけなので、もらっても喜べるような表紙であれば、注意される側も機嫌はさほど損ねないでしょう。

長くなってしまいましたが、
・エッセイ漫画を描く
・いっそエッセイ漫画を注意パンフとして配る
が私からの提案になります。

いろいろあってお心を痛めているのですね…　お疲れ様です。

マナーとは言っても、何かから学んだことの蓄積ですので、知る機会がなければ知らないままになると思います。
自分も同人やり初めの頃はいろいろ分からないことも多かったですし…
かつての個人サイトの頃は「毒吐きネットマナー」等、みんなが参照するものもありましたけど、今はそういうのもないですもんね。

なので、もしトピ主さんに余力があるようであれば、経験の浅い方たちに必要なことを伝承していくのが建設的かなと思います。
ツイッターでもたまに流れてきますが、「こういう行為はこういう理由でダメ→こうするといいよ」というのをその都度諦めずに流していくしかないかな…と思います。
勇気がいることですし、個人を特定するような言い方だと反発を招くので加減が難しいですが…
自分で書き起こすのが大変であれば、そういう啓蒙ツイートは世にいっぱいあるので、探してきてRTするだけでもいくらか効果あるかもしれません。

あとは、年下世代にもちょっとずつ仲がいい人を増やして、アドバイスを聞き入れてもらえる土壌を少しずつ醸成していくっていう手もありますが…　これはかなり長期戦になるのと、目的意識が先行して一方的になりすぎてもうまくいかないと思いますので、いずれにしろあまり気負わずにするのがいいと思います。

トピ主です。
ご助言ありがとうございました。
やはり勇気を出して少しでもいい雰囲気に変えていかねばいけませんね。
私の言葉をどれだけの方が聞いてもらえるのか、あまり自信はありませんが、これから自分だけでなく他の方も気持ちよく活動ができるように、頑張ってみようかと思います。
ありがとうございました。