普段10〜20万字くらいの二次小説を書いています。以下、自分のやり方や体験なので参考程度に読んでもらえると嬉しいです。

・描写の齟齬→推敲をちゃんとしていれば大抵は気が付けます。特にトピ文にあるような、さっきまで服を着ていたのに突然裸になっているとか、ベッドの上にいたのにソファにいるとかはちゃんと推敲をすれば見逃さないはずです。書き終えたら少し時間を置いて、読者になった気持ちで一から読み直すのがいいと思います。
表現の重複→こちらは見つけるのが少し難しいですが、取り敢えず推敲は何度もした上で、自分が使いがちな言い回しや言葉は検索機能を使って確認します。私はページ番号が表示されるアプリで書いているので、同じ表現がきちんとページ間隔を空けて使われているかを見ます。2〜3ページ空けて使われているなら気にしませんし、あまりにも使う頻度が高かったり1ページに何度も出てくる時は、読んでいて変じゃないか、他の言葉に置き換えることができないか検討します。

某プロの作家の方も言っていましたが、個人的に小説を書く上で一番大事なことは推敲だと思ってます。私は15万字の話を書くなら200回は読みます。書く前はその前に書いたところを読み直して修正をし、章が終わったり転換の前は通しで読み直します。トピ主さんと同じく、自分も読んでいて嫌になりますし面白いかどうかも分からなくなりますが、それくらいしないと人に読んでもらえるものが書けたと思えません。
これは個人のやり方ですし、それぞれの感覚や好みがあるとは思いますが、読み手として読んでいても、やはりきちんと推敲されて隅々まで検討された小説か、あまり推敲されずにノリで書かれた小説かは分かります。でもノリで最後まで押し切って面白い話もありますし、きちんとし過ぎていてつまらない話もあります。ノリでイケる話は語り口や設定が斬新だったり、ストーリー自体がすごく魅力的で勢いのある作品の場合が多いです。トピ主さんがそういう話を書きたいなら多少破綻があっても良いと思いますし、シリアスだったり悲恋だったり情感のある話を書きたいならある程度詰めて書くことが大事なんじゃないかな？と思いました。