過去トピで銃に関する話題にコメントしたことがあります。
　創作に実在の銃や兵器を出しても良いのか悪いのか
　https://cremu.jp/topics/5848

結論から言うとメーカーごとに著作権料・ライセンス料の対応は異なると思うので、メーカーごと個別に調べる必要はあると思います。
少なくとも、ロゴや社名をそのまま出しているゲームは、開発段階で兵器会社から許可は貰っているんじゃないでしょうか。

商業の漫画でもアニメでもそうですが、実在企業の名前やロゴを出すのはかなり慎重なのが日本のコンテンツ産業の実情ですし、
実在企業の名前・ロゴが出てくるのはコラボしているか許可を受けたかのどちらかが大半です。
なので商業ゲームも同様に実在企業のロゴや社名が出てくるなら、許可は取っていると思われます。

エースコンバットなんかは戦闘機のジェットエンジンの音を実機で録音するくらいこだわっている作品なので、
当然兵器会社側にもコネはあるでしょうし、その際に許可を取ったりしてると推察します。