グレスケ＝灰色濃淡
モノクロ＝白黒２値

＞①トーンを使いたい時はグレスケで良かったでしょうか？
モノクロ推奨です。

＞②線画はモノクロ、トーンはグレスケ、と言うレイヤー混合状態で作成して良かったでしょうか？
基本NGです。
印刷会社さんが「グレスケ印刷」に対応しているなら混ざっても平気です。
しかし漫画印刷業界的には「モノクロ２値」が基本なので、それを混在させると印刷がおかしくなります。

＞③クリスタのフォトショ形式の入稿と、PDF化形式での入稿はどう違うのでしょうか？
印刷会社側が入稿データをどう扱うか次第です。
漫画印刷でPDF入稿を扱えるところは少ない印象です。
またPDF化をすると画像が劣化したりするため印刷業界的には非推奨でもあります。
（あまり印刷の質を気にしない、速度重視のコピーセンター向け）

クリスタはファイルの基本のカラーモードが一応あるんですが、新規レイヤーが作成されるときのモードがその基本のモード(カラーかグレスケかモノクロか)という感じで、レイヤーごとに違うカラーモードを設定できるので、最初のカラーモード設定にあまり意味はないです。印刷に出す時には最終的にPDFかPSDデータとして出力することになると思うので、そのときにカラーモードをグレスケかモノクロ二値で出すことになりますが、使っているレイヤーが全てモノクロ二値であれば、解像度を変えてファイルを書き出さない限り、普通はモノクロのデータはモノクロのままです(ファイルとしてはグレスケですが、中身のドットは白か黒の2色しかないという状態です)。この状態であればトーンに変な網掛けがかかることはまずありません。
トーンを使いたければモノクロというのはたしかにそうなのですが、クリスタには「グレスケで濃淡をつけて描いたレイヤーを設定した線数(トーンの点の細かさとお考えください)で二値のトーンにする」という機能があります。この機能を使いたければ、レイヤーモードをグレスケにし、濃淡をつけて塗った上で、レイヤープロパティのところからトーン化をオンにするという手順で描いていくことになります。自分はグレーで出したりトーンにしたり色々なことと、パソコンのスペックには問題がないこと、諸々いじりやすいことから、ベタ塗り、グラデーション、その他効果トーン、ほぼ全てをグレースケールレイヤーに描いた上でレイヤープロパティでトーンにしています。修正がしやすいからです(この機能でトーンにしたものはグレーとトーンの切り替えが可能で、拡大縮小時もトーンが網として縮小された結果モアレが出るというようなことを気にしなくて良い)。モノクロで網点状態になったものは、拡大縮小、回転の融通が効きません。その点を踏まえて使うのはよいと思います。