PCに入っていないフォントだったので、デフォルトの小塚ゴシック辺りに置き換わってしまった感じでしょうか？
少しだけ状況が掴めないところがありますが、それはあまり良くない状態ですね。

回答としては
〇PCでも同じフォントをダウンロードするか、
iPadでpsdデータとして書き出す時は、レイヤー全てを統合するか、文字のレイヤーをラスターもしくはベクターレイヤーにして画像化した方が良いです。

＞psdファイルをPCのフォトショで開いて確認したところ、そちらだとフォントはそのまま変わってなかった

psdを開いた時に、統合レイヤーとして開くみたいな表示が出ましたか？
恐らく、文字が置き換わったのはクリスタで開いた時ですかね？psdデータをレイヤー事に表示になったので読み込む時に置き換わってしまったんだと思います。

まとめてのご返信失礼します。

わかりにくいところがあり失礼いたしました。

iPadクリスタで文字入れした原稿データをPCクリスタで開いて表紙など仕上げをする→一括書き出しでpsdで書き出し・入稿→その後にサンプル部分だけjpegで一括書き出し→jpegだとセリフのフォントが小塚ゴシックに置き換わってる、という状態でした。

ipadデータをPCクリスタで開いたときはフォントは変わってなく（ヒラギノ・I-OTF）、psdデータもフォトショで開くとフォントは変わらず、jpegデータに書き出すとその画像上だと小塚ゴシックに変わる感じです。

psdデータを開くときに総合レイヤーとして〜、との表示は出なかったと思います。

データ作業はPCで行うためPCにヒラギノなどは入れてまだ未入稿のデータは全部書き直したのですが、もう入稿したものは製本作業に入ってしまったところでサンプル作業でjpegに書き出したのを読み直してたら気づいた…といった状況でした。

入稿データが大丈夫なら大丈夫とのことで、少し安心しました。
今後はテキストデータはPCで作業・iPadで入れたものは画像化してからPCに移すようにします。

助かりました。
ありがとうございました。