ネタを拾える人、拾えない人の双方を想定して作者も出してると思うよ。だからそれ自体は別に気にしなくていいと思う。

んで創作に関しては最初から解釈や理解が完璧な人なんて滅多にいない、いても相性の問題だと思うから、現時点ではこう！ってスタンスで出していっていいと思う。
不安なら注意書きにでも「〇〇まで履修済みだが小ネタは勉強中」みたいなのを書いておいてもいいんじゃないかな？
見かけたことあるし。

その上で原作を読んでその巻の解説や考察、感想ブログやツイなどを読んだりするのは並行しておくといいのかもね。
私のいるジャンルは考察がかなり盛んで何百周してるような玄人がうじゃうじゃいるけど、私は普通に読める範囲で読んで（さすがに一通り目は通してるけど）その時書きたいもので書いてるし、それで何か言われたことはないよ。
気に病みすぎないでいってね〜

※フェイク挟みます。
30〜40年前のテレビ番組がメインのnmmnジャンルにハマった時に、トピ主さんと似たような状態になりました。
私が小学生の頃に全盛期を迎えていたジャンルです。

TV業界は今とはコンプラが違いますし、それを見る視聴者の価値観も違います。
夕方に放送するTVドラマで女性の裸が映し出されたり、実際にあった戦争・宗教に関する事件を面白おかしくコントにする、なんてことが平然とあり、最初はただただ驚くばかりでした。
その時の文化や流行を探るために、当時のTV誌はもちろんの事、ファッション誌、週刊誌、音楽雑誌、風ぞく誌、タウン誌など、読みまくりました…。
金額的に結構高くついたのですが、そのぶんリアリティのある二次創作ができるようになったので(当時からジャンルで活動している人や、番組のファンの方に「こういうのあったよね〜懐かしい」みたいな感想を貰えたので)、結果的には良かったです。

なんでも読むことです。興味のある所から何でもかんでも雑学知識を取り込んでいくことが必要かと思います。たとえば私は実際に読んだことがないんですけれど前知識があったからシクレベビーネタは分かりました。シクレベビーとはハーレクイン方面で使われる用語で、シークレットベイビーの略です。恋人になった男には赤ちゃんが出来たのを黙ったまま別れ、赤ちゃんを産んで育てて成長したのち、この子があの時の愛の結晶よ、と見せる仕込みネタです。とうぜんハッピーエンドがお約束です。（私はシクレベビーものは特大の不幸の爆弾にしかならない気がするからあまり好みじゃないです）そういうのをあらかじめ分かっておくと、なんちゃらバースにシクレベビーを仕込んだネタを書きたかったのねこの人は、ご苦労さん。という理解に繋がることもありますよ。