久しぶりにナンバリング見ました。
これは同人誌が今より隆盛だったころ、サークルさんがこのジャンルで何冊本を出してるかの印で、買う側は買いもらした本があるかどうかの参考にしていました。

カップリング別で何冊も出される方はカプ毎に、そうでない方は別カプ本オールキャラ本など含めでナンバリングしてました。

でも別に厳密に決まってません。
以前、入れてた事はありますが、本を出す数も少なかったので、カプ問わずナンバリングしてました。

自分は入れてます
「＃１」みたいな形ではなく、「(サークル名)n番目の本」というのがわかるような記述を小さく入れてる形です
発行する冊数が多いのもあり、自分でも何冊出してるのかすぐわかるよう、主に自分用の目印として入れてます
自分の場合はカプ本もカプなしシリアス本も全部通しで入れてますね～サークルとしての通し番号なので…

ナンバリングいれてるよ
必要に応じてっていうよりは裏表紙にまとまった文字がほしくてジャンル名カプ名非公式ファンブックサークル名ナンバリングで尺を稼いでる
情報としてっていうよりこれが書いてあれば裏表紙ベタ塗りでも様になるからね

裏表紙に◯◯（ジャンル名） Unofficial Fanbook 01みたいにナンバリングしてる
内容は繋がってないので

自分の観測範囲では再録出すときに「AB再録、収録作品は#1、2、4、6、7です」みたいな書き方してた人がいて管理しやすそ～と思った
（この場合#3、5が別カプ）

ナンバリング、好きで自分の本にいつもつけてます。
私は「ジャンルごと」で番号ふってます。ジャンル変わったらまた#1からになります。同ジャンル内別カプもまとめて通し番号にしてたので、カプ違いの方には紛らわしかったかもですが誰かに怒られたことはないですね。トピ主さんもご自分でお好きなように番号ふってみては？
あと、変人かもですが、オフ本までいかないコピー本とかに、#1.5とか小数点つけるのがめちゃくちゃ好きです。(#1と#2の本の間の期間に出した本という意味)
#1.5と#2の間にまたコピー本出してたら#1.75とかにしてます。小数点が細かくなるほど興奮する…
トピずれ失礼しました。

自分もジャンル単位で入れてます。複数カプを行き来しているので、ジャンル単位。
結構本を何冊も出すタイプなので、自分の管理にも便利です。
地味に読み手の方もこの番号から抜けを探して買いにきてくれたりもします。

ジャンルごとに番号ふってる方が多いと知れて安心しました。使い方や管理の仕方などためになることが多くて大変参考になりました。
みなさんありがとうございました！