◯乙女ゲー・BLゲーについて
好きルートできちゃうと他のルート興味無くなってやる気もなくなるのはあります。なので最初の直感で1番興味なさそうなルートから始めて好きそうなルートは最後に残します。
思わぬところで好きルートできて最後までゲームやる気なくなったら、それはそれで…と思って諦めて積みゲーとします。でもトピ主さんほど固定固執感はないので、もっとそのゲームについて知りたければゲームを進めます。

◯覇権CPを推せないことについて
いわゆる名作映画というやつだって、みんな好きでも自分はいまいちだと感じたな…ということは多々あります。マジョリティの感性ってそんなに大事ですか？それに、性癖ってストーリーの読解力とかとは別次元の話なのであまり気にせずに推したいカプを推したらいいと思います。

1つ目について。
そのゲームを楽しみたい、大好きだ！ということが大前提としてある。そして、好きなキャラ以外のルートが苦しいのであれば、私なら補完資料を使います。
個人的な考えですが、ゲームは体験であり、プレイヤーの数だけそれに伴う「物語」があります。恋愛シミュレーションゲームならば、攻略キャラの順によって印象が変わるでしょうし、リメイクか否かによっては操作性が変わるのでその結末に辿り着くまでの苦労も人と違ったりします。その小さな差異がゲームジャンルの二次創作ではおもしろいと考えます。好きに遊べばよいです。そのキャラのルートを1回しかしてない人と、10回も見た人ではきっと発見できるものも違うはずなので。
創作上で気になるのならば、注意書きに「◯◯ルートのみプレイ済み、他の情報は資料で得ました」と明記してはいかがでしょうか？
それを責める人は、他人のゲームの遊び方にまで文句言ってくるおかしな人です。無視しましょう。

2点目について。
最初の質問から考えて、トピ主さんのジャンルは恋愛系のゲームだと思いますが、その場合、どのキャラルート（もしくは組み合わせ？）に行っても魅力があるように制作側は作っているのではないですか？
むしろ、ファンは分散するように思うのですが、分散しないということはその作品の他の可能性を無視してませんか？　それこそ、この作品の内容・魅力をきちんと理解できていない状況かもしれません。
大多数に刺さるものがあなたに刺さらなくても、おかしくないと思います。流行りと自分の好きが被らないことは多くありますので、自分の好きを貫いてください。

最後に、余計な話。これは私の経験ですが。
大きなジャンルでも小さなジャンルでも、いわゆるマイナー寄りなカプを推してきました。
が、好きの気持ちで書いていたら、ありがたいことに「元はABでしたが、 CBの魅力に転びました！」というご意見を度々もらえます。だから、己の好きに忠実な方が幸せです。
自分の感受性を信じることが、その作品に対する最も誠実な姿勢だと思います。
楽しく遊んでください。