トーン（モノクロ二値の画像）を柔らか消しゴム、エアブラシ、ぼかし等で消したということは、元のトーンはモノクロ対応されていたが、アンチエイリアスのかかった消しツールを使った結果、カラーまたはグレスケ処理をしてしまった
なのでモアレが発生したのだと思います。

改善策としてはご自身が仰っているようにグレスケをトーン化するか、消しゴムの種類を変えるかですね。
漫画用のカケアミ系消しゴムを使えば、モノクロの画像をアンチエイリアスのない、モノクロのカケアミで消すことになります。
これならモアレを発生させずに綺麗に消せるはずです。

消しゴムやエアブラシを使うならグレスケ→トーン化
最初からトーンで削るならカケアミとかで白使って削る

いつもはこれでやっててモアレ起きたことはない。グレスケ→トーンは全面をグレスケで塗った後にトーンにすると確かに普通のトーンとはちょっと雰囲気が変わる気がしなくもないですが、部分的に使うなら簡単にグラデができるのでおすすめですよ