少数派だとは思いますがいつの時代も一定の根強い支持があると思います。
その手の意見は注意書きの話題になると見かけますが殆どの人は自分の場合、という感じに書いているので
あまり気にしたことはありませんでした。が、書き手さんからしたらやはり気になる物ですよね…。
注意書きを徹底していれば他に気をつけることはあまりないのではないでしょうか。
私自身バッドエンドはあまり得意ではないのですが、「ネタバレをしたくなくて死ネタなことを隠して本を売った」とか
そういうことが無ければバッドエンドな作品や語りを見かけても嗜好の違いでスルーできます。
あとはプロフィールに「メリバ・バッドエンド好き」などと書いていればハピエン好きの人は避けますからトラブルは回避できると思います。

自分もダークで鬱々とした物語、好きで読んでた時期ありました。(年をとったら明るい話を好むようになりましたが…)
物語の好みってわりとその時の読み手の心理状況に依ることもありますし、バッドエンドにもハッピーエンドにはない魅力があると思います。

上の方がおっしゃってるような注意書きは大事だと思いますし、それ以外のポイントとしては、(もう意識されてるかもですがご参考まで…)
同人誌であれば本の表紙である程度物語の傾向を表現できるかなと思います。ポップで明るい装丁でバッドエンドだと表紙詐欺っぽくなっちゃいますが、色彩やモチーフでダークに寄せるとある程度「人よけ」になるかと。
あとは、悲劇を書くときのTIPSとして、要所要所で「これは悲劇である」というのを読者に悟らせると良い、と見かけたことがあります。読者は、読み進める中で見えてくる道筋から完全に外れた結末は望んでおらず、バッドエンドに向けて読者の感情をうまく誘導すると読み手としてもカタルシスが得られる、ということらしいです。(とはいえ、趣味の同人誌なのだからセオリーに乗らない物語を好きに書いていいと思いますが…)

トピ主さんがどういったジャンルで、どういった本を作ってるのか分からないので一般論で。

大衆向けの映画に、なぜバッドエンドよりもハッピーエンドの方が圧倒的に多いのか、を見れば
バッドエンド好きは少数派だとよく分かります。
とは言え、好きにやれる同人誌だからこそ、商業ではやりにくいバッドエンドをあえて描いてる作家さんはそこそこいる気はしてます。
特に男性向けエロ同人とかだと、その性質上、バッドエンドも多いと思います。

バッドエンドが嫌な人のパターンとして
「そもそもバッドエンドというものが見たくない派」と「元作品が捻じ曲げられてるから嫌派」があると考えています。

バッドエンドである以上、その中には「悪役」がいると思います。
・元作品のキャラを悪とする
・オリジナルモブが悪とする

元作品のキャラを悪とする場合、
「このキャラはそこまで悪役じゃない」とか解釈違いが発生しやすいです。
ニチ朝アニメの悪役も、例え悪役でも人を殺めたり貶めたりするタイプの悪役ではなかったりします。
作者と読者の間の解釈度合いの違いによっては、嫌がられるバッドエンドは存在します。

オリジナルモブを悪役としても、
その悪によって元作品キャラが影響を受けてしまうために、その影響を嫌う人はいます。

そもそも、明るいタイプの元作品であれば、バッドエンドにすること自体に違和感を感じる人はいるかも知れません。
というか、そういった「悪要素」自体を嫌う人もいます。
最近流行りの日常系ふるふわ萌えアニメなんかだと、そういった「悪要素」がないのが売りだったりしますし、
だからこそ二次創作で「悪」が描かれることに抵抗感を持つ人はいるのかも知れません。
　
　
　
別アプローチから考えてみると、無理やり落ちを付けなくていい。
意外性のある落ちとしてバッドエンドを採用するな、という声もあります。

最近は聞かなくなり死語になりつつありますが
かつて同人の「やおい」とは「山なし落ちなし意味なし」という意味で使われていました。

描きたいとこだけ描くので、山も落ちも意味すらなくても構わない、ということです。
逆に、見る側も「見たいとこだけ見たい」と感じる人はやはりいます。

途中までは良かったんだけど、最後に変なオチでバッドエンドになってる、とかだと
読んだ後に「蛇足」と捉えられるかもしれません。

　
　
　
後はもう好みの問題です。
辛口が良いか甘口が良いか、なんて年齢や体調によってもマチマチです。
甘口を更に甘々にする人、辛口を更に辛辛にする人、
辛いものの後に甘いもので締めたい人、甘い物の後に辛いもので締めたい人、いろいろです。
甘党からすれば辛い物とか信じられない、ってなりますし、
辛党からすれば甘い物とか信じられない、ってなります。

トピ主さんが辛党であれば、甘党の話を聞くことはありません。
そもそも、甘党の人は辛いものを買わないので、意見として取り入れる必要がないです。

ただ、売れるメニューを考えたい、という話だったら、もう少し研究してみるのもありかと。