基本的にサークルスペース内に余裕があって、
サークル参加者のスペース内移動の妨げにならなければ
ダンボールは置いて良いと思います。

　
ただ、イベント規模やテーブル配置でのスペース間隔にも拠るので、一概には言えません。
間隔が狭くて売り子の椅子１つ置くのが限界のイベントもあれば、
ダンボール６箱くらい余裕で積み重ねて置けるイベントもあります。

経験則ですと
オンリーイベント：人気ジャンル→ギリギリ
オンリーイベント：マイナー→余裕
中規模オールジャンルイベント：会場が広い→余裕
中規模オールジャンルイベント：会場がやや狭い→ギリギリ
コミケ→配置にも拠るがまぁイケる

イベント会場の広さと机の配置数を見て概算するか、
直接イベント主催にメールなどで問い合わせて聞くのが無難だと思います。

　
　
自分はパイプ椅子の下にダンボールも置いたりします。
後は椅子を出さずに立って応対を基本として、
その分のスペースをダンボール配置に充てるのも良いかと思います。