基本的にサークルスペース内に余裕があって、
サークル参加者のスペース内移動の妨げにならなければ
ダンボールは置いて良いと思います。

　
ただ、イベント規模やテーブル配置でのスペース間隔にも拠るので、一概には言えません。
間隔が狭くて売り子の椅子１つ置くのが限界のイベントもあれば、
ダンボール６箱くらい余裕で積み重ねて置けるイベントもあります。

経験則ですと
オンリーイベント：人気ジャンル→ギリギリ
オンリーイベント：マイナー→余裕
中規模オールジャンルイベント：会場が広い→余裕
中規模オールジャンルイベント：会場がやや狭い→ギリギリ
コミケ→配置にも拠るがまぁイケる

イベント会場の広さと机の配置数を見て概算するか、
直接イベント主催にメールなどで問い合わせて聞くのが無難だと思います。

　
　
自分はパイプ椅子の下にダンボールも置いたりします。
後は椅子を出さずに立って応対を基本として、
その分のスペースをダンボール配置に充てるのも良いかと思います。

上の方に同意です。
イベントによって島の間隔はかなり異なりますので、ゆったりゆるゆるの時もあれば、背面ポスターを立てるのも申し訳ないくらいの狭さの時もあります。
玄人になると、イベント会場とスペース数で大体の間隔がわかるらしいですが(！)
そうでなければ、運営に問い合わせてみるのが良いかと思います。

あとは、後ろや左右の人に「置かせてもらってます」と一声かけるといくらかスムーズだと思います。それでも、通りづらそうにしている人がいる等あれば状況によって対応を試みましょう。